特長

概要

細菌、カビ、酵母のタンパク質マススペクトルを取得し、データベースと照合することで、検体の帰属種・近縁種を同定します。MALDI-TOF M S法は、迅速性やコストの低さから臨床・食品・製薬など様々な分野で普及が進んでいます。
細菌および酵母は、当社営業日の午前中に到着し、検体が純化された平板培養物、または解析を実施するコロニーやカテゴリーが明確であった場合、ご送付検体より直接解析を行い、即日報告が可能です。
カビは、タンパク質抽出を効率よく行うために液体培地での培養が必須となりますが、検体受領から培養を含めて、2〜4日で報告が可能です。また、DNA塩基配列解析に比べ安価ですので、コストを重視されるお客様におすすめです。

〈こんな方におすすめです〉

• まとまった検体数で同定を行いたいけれど、コストを抑えたい。
• DNA塩基配列解析を考えているが、事前にスクリーニングとして利用したい。

受入可能な検体

検体到着予定日の前営業日17:00までに依頼書をE- メールにてお送り下さい
検体の状態によっては即日報告できない場合があります。下表をご確認の上、検体をご送付ください。

• カテゴリー変更やコンタミネーションなどに起因し、解析対象が試験当日の12:00までに確定できない場合、即日報告できません。
• １日の報告件数は10株を上限とします。10株を超える場合は翌日以降のご報告となります。その際は優先順位をご連絡ください。

※1 純粋な単一コロニーが認められない検体、液体培養物、混釈培養物、ペトリフィルム、選択培地で培養した検体などは直接解析できません。当社にて必要に応じて平板塗抹による再培養（有償）、または単離作業（有償）を行い、その後解析となります。再培養、単離作業を行う場合、MALDI微生物同定試験とは別に納期を必要とします。
※2 グルーピング (コロニー性状による同種／別種の判断) は有償での対応となります。MALDI微生物同定試験とは別に納期を必要とします。
※3 培養後、大幅に時間が経過している検体は解析に適しません。生育が確認 (生育の目安は直径1～2mm程度のコロニーが確認できる状態)でき次第、速やかに微生物株をお送り下さい。
※4 当社にて解析前に培養を行いますので、培養後時間が経過している微生物株でも生育が認められれば解析可能です。

解析の流れ

納品内容

報告書サンプル

使用データベースと対象微生物

「Main Spectra(MSP)」を基本コンセプトとし、各微生物株を複数回測定して各ピーク(分子量)とその強度の平均値を算出取得しています。マススペクトルのうち、検出頻度の低いピークはノイズとして除去して検出頻度の高い特徴的なピークのみを用いてデータベースを構成しています。同一菌種でも複数株のマススペクトルデータが登録されているため、菌株間でマススペクトルパターンに多様性がある場合でも正確な同定が可能とされています。

価格・納期

年間契約割引( 年間150 株以上) もご用意しております。

※1 報告日が休業日の場合、翌営業日の報告となります。
※2 培養(目安日数:2〜3日)において生育が充分と判断した日に試験を開始します(翌営業日報告)。試験の可否判断は、当社に一任下さい。
※3 原則18:00までに報告しますが、状況によっては18:00以降の報告となる場合があります。また報告時間の指定(例：「15:00までに報告を希望」など)には対応できません。

関連ページ

２，DNA塩基配列解析（通常納期）をご検討の方には、以下の試験項目がございます。

特長

※1　カビ形態Rapidは除く。
※2　当社微生物同定データベースに対する相同性検索結果を報告します。
※3　ENKI BLAST Rapid解析は対象外となります。

概要

医薬品や食品・飲料メーカーなどで衛生管理を担当され、特に迅速性を要求されるお客様におすすめです。
DNA塩基配列解析には、当社が開発した微生物同定システム「ENKI®」を使用します。
Rapid解析 (4営業日報告) は、当社の微生物同定データベースおよび国際塩基配列データベース (INSD：DDBJ/ENA/GenBank) に対して相同性検索を行い、その結果に基づく簡易分子系統解析から帰属種・近縁種を同定します。
ENKI BLAST Rapid解析は、当社の微生物同定データベースに対する相同性検索結果を2営業日で報告します (細菌および酵母が対象となります)。
カビ形態Rapid は、顕微鏡観察により識別可能なレベル(基本的に属レベル)までの分類群を同定します。

受入可能な検体

検体到着予定日の前営業日17:00 までに依頼書をE- メールでお送り下さい。

解析の流れ
(カビ形態Rapidの場合)

納品内容

価格・納期

※1 中間報告は、当社微生物同定データベースに対し相同性検索結果の上位5位をE-メールで報告します。最終的な結論と異なる可能性があります。
※2 追加の簡易分子系統解析 (8,000円 (税抜) /株、納期＋5営業日) を行うことで、Rapid解析と同内容の報告が可能です。
※3 1回目のPCRでDNA増幅産物が得られない場合には、納期を1営業日延長いたします。延長が判明した時点でお客様にはメールにてご案内いたしますが、当該メールへのご返信を待たずに2回目のPCRを実施いたします。
※4 2回目のPCRでDNA増幅産物が得られない場合は、その時点で作業を中止させていただきます。

関連ページ

２，DNA塩基配列解析（通常納期）をご検討の方には、以下の試験項目がございます。

特長

概要

in silico DDH解析は、対照株と比較株の全ゲノム配列やドラフトゲノム配列をコンピュータ上で比較し、2株間の種の異同を評価する方法です。この試験はゲノムDNA抽出物を用いたDNA-DNAハイブリッド形成試験と正の相関があるとされています1,2)。近年ではin silico DDH解析の方法として、計算方法の異なるANI解析およびGGDC解析を行い、両方の解析結果を併記して新種提唱をしている論文が増加傾向にあります。解析後、全ゲノム配列やドラフトゲノム配列がお手元に残ることもin silico DDH解析の特長と言えます。
全ゲノム配列やドラフトゲノム配列のためのシーケンサーは「PacBio® Revio / Sequel IIe」 (Pacific Biosciences社製) を使用します。
既に全ゲノム配列やドラフトゲノム配列取得されている場合には、ANI解析、GGDC解析のみのご依頼も承ります。

参考文献

受入可能な検体

解析の流れ

納品内容

価格・納期(一例)

※仕様に応じて見積りします。

納品内容

価格・納期(一例)

※仕様に応じて見積りします。

※1　当社で培養を行う場合、別途培養費 5,000円 (税抜)～が掛かります。

• 常用培地以外の培地や嫌気条件での培養などをご指定の場合、追加費用が必要となります。【ガイド】 追加費用のご案内をご参照下さい。
• 対照株数が複数の場合には、お問い合わせ下さい。

特長

概要

細菌の同定に一般に用いられている16S rDNAでは、上流側の約500 bpの部分塩基配列で近縁種の同定がほぼ可能ですが、全長配列(Full)を解析する方がより同定の精度が高くなり、帰属種・近縁種の同定に優れます。特に、細菌を新種提唱する場合には、サンガー法による16S rDNA全長の決定と分子系統解析が必須となります。また、微生物特許寄託の際、同属内にBSL3以上が含まれる場合には、DNA塩基配列解析による安全性の確認が必要となることがあります。
当社では近隣結合法 (NJ; Maximum Neighbor Joining) のように距離行列 (Distance matrix) による手法および、最尤法 (ML; Maximum Likelihood) を基本とし、最節約法 (MP; Maximum Parsimony) による分子系統解析にも対応可能です。

受入可能な検体

解析の流れ

納品内容

16S-rDNA 500 と Fullの違い

報告書サンプル

価格・納期

※年間契約割引 (年間100株以上) も用意しています。

※1　DNA特急は、5営業日で当社微生物同定データベースに対し相同性検索結果の上位5位をE-メールで報告します。また、一度にお受けできる検体数は8株までです。

• 常用培地以外の培地や嫌気条件での培養などをご指定の場合、追加費用が必要となります。【ガイド】 追加費用のご案内をご参照下さい。
• ご希望のお客様には、帰属種・近縁種の分離源情報を提供します(試験項目 ENKI BLAST は対象外)。

特長

概要

微生物を取扱う上での基礎的な技術、顕微鏡観察あるいはDNA塩基配列解析などの専門的な技術を学ぶためのテクニカルトレーニングです。開催予定日および参加者募集の最新情報は、当社ホームページをご参照下さい。申込期限は、開催日の2週間前までとなります。
受講者には「修了証」を発行しますので、新入社員研修や社員教育にも最適です。また、同一機関で同一テクニカルトレーニングを複数名受講の場合は、2名様以降の受講費用を2割引とさせていただきます。
受講者のアンケートでは、「講義と同時進行で実験が出来て分かり易かった」、「たくさんの質問に、すべて丁寧に答えてもらい、疑問が解消した」などご好評をいただいています。

開催日程

価格・納期

申し込み方法

1. 当社ホームページよりテクニカルトレーニングの依頼書をダウンロードし、必要事項をご記入の上、E-メールでお申し込み下さい。
2. お見積りのご承諾後、受講案内をメールにてご案内します。キャンセルの場合は前日までにご連絡下さい。
   当日キャンセルの場合は半額請求させていただきます。
3. テクニカルトレーニング受講終了後、ご請求書を手渡し、あるいは後日郵送します。

特長

概要

DNA塩基配列解析では、国際塩基配列データベース (INSD：DDBJ/ENA/GenBank) の利用がほとんどですが、膨大なDNA塩基配列データが蓄積されているために、微生物の同定に有効なDNA塩基配列データを選択するには多大な手間と時間を要します。また、微生物分類学の専門知識がなければ、微生物の同定が難しいケースが多々あります。
当社では国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ (DNA Data Bank of Japan) センターのご支援により、微生物同定に有効なデータを収集したDNAデータベース「微生物同定データベース」を構築し、当社が開発した系統解析を簡単に行うことができる微生物同定ソフトウェア「ENKI®」とあわせて販売しています。
本システムは、解析メニューのボタンが解析手順に沿って並んでいますので、専門知識のないお客様でも簡単に操作可能です。また、解析したい塩基配列を複数選択し、相同性検索から系統解析までを自動で行うことも可能です。
微生物同定データベースは、学術論文などを参考に精査したDNA塩基配列データで構成されています。バージョンアップは定期的に行い、新種提唱された種の基準株やタイプ由来株のDNA塩基配列データを追加するほか、国際塩基配列データベースに未登録の種の基準株やタイプ由来株については、必要に応じて当社が独自にDNA塩基配列を解析し、微生物同定データベースに追加しています。

■分かり易い相同性検索結果
学名、株名、国際塩基配列データベースのアクセッション番号、相同率、バイオセーフティーレベルが表示されます。検索結果をPDF形式で保存可能です。

■近縁種の同定が容易
系統樹を描くことで、相同率の比較だけでは理解しにくい近縁種との系統関係を明確にします。系統樹はPDFなどのファイルで保存可能です。

解析の流れ

使用方法の動画

製品仕様

動作環境：
日本語版 Windows®10, 11 /64bit / CPU 2GHz以上 /メモリー 2GB以上 / HDD 1GB以上

使用制限：
「ENKI®」は論文発表以外の研究または品質管理目的のみ利用可能です。
医療や臨床診断、解析受託目的ではご利用いただけません。

機能一覧

価格

※ 国際塩基配列データベースを利用した相同性検索は、インターネット接続ができないPCではご利用できません。

・ 微生物同定データベースの更新 (アップデート) には、最新版のデータベースの購入が必要です。
・ BAは細菌を意味し、FUはカビ・酵母、きのこを意味します。
・ DBはデータベースを意味し、DLは年間ライセンスを意味します。
・ DB-BAには、16S rDNA領域のデータベースを収録しています。
・ DB-FUには、rDNAのITS領域と28S (26S) rDNA領域（主にD1/D2領域）の2種類のデータベースを収録しています。
・ 「ENKI®」は当社の登録商標です。

無料トライアルについて

無料トライアルをご利用いただけます。詳細はお気軽にお問い合わせください。

お問い合わせフォームはこちらから

特長

概要

細菌第二段階試験では、事前にDNA塩基配列解析を実施している場合、その情報から有効な生理・生化学的性状試験項目を実施しますので、より詳細に近縁種と比較することが可能となります。

受入可能な検体

解析の流れ
(細菌第一・第二段階試験セット (考察あり) の場合)

納品内容

•  放線菌を対象とした試験では、考察や同定結果は含まれません。

価格・納期

〈オプション〉 API ZYM

細菌第二段階試験で選択可能なオプションです。

• 常用培地以外の培地や嫌気条件での培養などをご指定の場合、追加費用が必要となります。【ガイド】 追加費用のご案内をご参照下さい。
• 多検体でご依頼の場合の目安納期は、お問い合わせ下さい。
• 生理・生化学的性状試験用キット (API) で試験ができない分類群では、試験用の培地を個々に調製し試験を行います。培地調製には追加費用が必要となります。

特長

概要

DNA塩基配列解析に加え、形態観察として細菌ではコロニー色調、細胞形態、グラム染色性、芽胞形成能の4項目を分類群にあわせて観察し、視覚的な情報を記録として残します。また、カビ・酵母では分類学的に重要なコロニー形態や色調、菌糸および胞子等の細胞形態を観察します。

受入可能な検体

作業の流れ（細菌の場合）

納品内容

報告書サンプル

価格・納期

※※ 中間報告は、当社微生物同定データベースに対し相同性検索結果の上位5位をE-メールで報告します。最終的な結論と異なる可能性があります。DNA塩基配列データ、シーケンス波形データおよび写真などは、報告時にお届けします。

• 常用培地以外の培地や嫌気条件での培養などをご指定の場合、追加費用が必要となります。【ガイド】追加費用のご案内をご参照下さい。
• 多検体でご依頼の場合の目安納期は、お問い合わせ下さい。

<オプション>考察

細菌、放線菌の16S rDNA-500および16S rDNA-Full、カビおよび酵母のDNAメニューでは、オプションで考察(同定に至った経緯の説明文章) 付きに変更が可能です。
・ 細菌および放線菌は、DNA塩基配列解析のみの考察を行います。
・ カビおよび酵母は、形態観察の結果とDNA塩基配列解析の結果を踏まえた総合的な考察を行います。

価格・納期

※ 菌の特性に関する内容の記載は対応いたしかねます。

特長

概要

製品や製造現場などで異臭、変色、膨張などの変質や外観異常を生じた場合、「何かがおかしい、しかしその原因は微生物によるものかどうかさえわからない」そのようなことはないでしょうか。
対象の製品や採取した検体中の問題の箇所に微生物が存在しているか否か、微生物が存在している場合にはそれが細菌か、カビか、酵母かを顕微鏡で確認し、微生物区分を判断します。「同定までは必要ないが、まずは、異物中に微生物が存在しているのかどうかを確認したい」など、異物確認の最初のステップとしてご活用下さい。また、その微生物種の特定をご希望の場合には、目的とご予算に応じて、分離および同定の追加試験を提案します。

受入可能な検体

解析の流れ

納品内容

報告書サンプル

価格・納期

特長

概要

細菌、カビ、酵母を対象として、培養条件(好気、嫌気、高温、低温など)や芽胞菌、大腸菌、乳酸菌、酢酸菌、放線菌などの対象微生物をご指定いただき、目的に合わせた微生物を分離します。食品、飼料、水や土壌などの環境検体、また、微生物に汚染された日用品、皮革製品など様々な検体の取扱いが可能です。特殊な環境中に存在する微生物(硫酸塩還元菌や鉄酸化細菌など)の分離につきましては、別途、お問い合わせ下さい。

受入可能な検体

解析の流れ

納品内容

報告書サンプル

価格・納期

受注状況により、納期をご相談させていただく場合があります。

※1 乳酸菌は、分離株のグラム染色およびカタラーゼ試験を実施の上、グラム陽性・カタラーゼ陰性の微生物株を単離します。
※2 芽胞菌の分離を目的とする場合には、通常、芽胞を形成しない細菌を死滅させるために「80℃、10分」の加熱処理を行います。加熱温度および時間のご指定がある場合は依頼書などでご指定下さい。
※3 微生物株の安全性を担保するため、原則として同定済みの株を対象とします。

• 常用培地以外の培地や嫌気条件での培養などをご指定の場合、追加費用が必要となります。【ガイド】追加費用のご案内を参照下さい。