データ解析 アーカイブ - TechnoSuruga Laboratory Co.,Ltd. 微生物試験・分析と理化学分析 Tue, 30 Sep 2025 23:42:11 +0000 ja hourly 1 https://wordpress.org/?v=6.8.3 https://tecsla.jp/tec/wp-content/uploads/2023/08/logo.png データ解析 アーカイブ - TechnoSuruga Laboratory Co.,Ltd. 32 32 アンプリコンシーケンスデータ解析 (Metagenome＠KIN) https://tecsla.jp/services/community-structure-analysis/dete-analytics/amplicon-sequence-data-analysis-rdp/ Tue, 07 Nov 2023 11:35:48 +0000 https://tecsla.jp/?page_id=280375 投稿 アンプリコンシーケンスデータ解析 (Metagenome＠KIN) は TechnoSuruga Laboratory Co.,Ltd. に最初に表示されました。

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アンプリコンシーケンスデータ解析 (Metagenome＠KIN)

特長

  • 細菌・アーキア16S rDNAは、RDP (Ribosomal database project) とテクノスルガ・ラボ「微生物同定データベース」の2種類で解析

  • 微生物同定データベースは、BLASTのcut-off条件を相同率97％からご指定の値に変更可能

  • 3検体以上の場合は、クラスター分析および主成分分析まで実施

概要

次世代シーケンサー (Next Generation Sequencer：NGS) を用いたアンプリコンシーケンス解析により得られた配列データの帰属分類群を推定するデータ解析です。

受入可能な検体

検体の種類

形式

次世代シーケンサー (NGS) によるシーケンス生データ※

fastq ファイル

fasta ファイル

※　当社仕様で実施していないシーケンスデータの場合は、お問い合わせ下さい。

解析の流れ

  • プライマー配列の除去

  • ペアエンド配列、アッセンブル

  • フィルタリング、キメラチェック

  • データベースによる相同性検索

  • Metagenome＠KINによるデータ解析

仕様

解析データベース

推定可能な分類階級

細菌 ・ アーキア

RDP

界～属

テクノスルガ ・ ラボ 「微生物同定データベース」 ※¹、²

界～種

カビ・酵母

RDP のみ

界～種

※1 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センターのご支援の下、当社の微生物同定システム「ENKI®」のために構築したオリジナルデータベースを、アンプリコンシーケンス解析用にカスタマイズしています。国際原核生物命名規約に基づく細菌・アーキア基準株由来の16SrDNAに加え、生態学的に重要な難培養微生物の配列も一部収録しています。また、アンプリコンシーケンス解析結果に反映できるよう当社独自に編集した配列名も収録しています。
※2 相同率97％での解析を推奨および標準設定としていますが、変更も可能ですのでお問い合わせ下さい。

納品内容

報告内容※¹

形式

シーケンスデータ

プライマー配列の除去、ペアエンド結合、クオリティーの低い配列を除去した後のfasta 形式の配列データです。

fasta

ドーナツグラフ

検体の菌叢を構成する帰属分類群を界 ( 内側) ～種 ( 外側) へ一つの図として表示します。

html

バーチャート

分類階層ごとの帰属分類群の内訳を並べて表示します。

csv、html

クラスター分析※²

デンドログラムおよびヒートマップ画像が分類階級ごとに作成されます。

png

主成分分析※²

主成分の二次元プロット画像が分類階級ごとに作成されます。検体間の相違を散布図で示します。

csv、 png、 html


アルファ多様性

分類階級ごとのアルファ多様性を表で示します。

tsv

※1 ご依頼内容や検体数によって納品されないファイルがあります。
※2 群平均法 (UPGMA) およびピアソンの相関係数によるクラスター分析および主成分分析となります。論文投稿を前提とした解像度ではありません。論文投稿を目的とする場合には、別途「アンプリコンシーケンスデータ解析 (QIIME2)」または「統計分析ソフトRによるデータ解析」をご利用下さい。

報告サンプル

ドーナツグラフ

解析例※¹、²

バーチャート

クラスター解析※³

主成分分析※³


検体の菌叢を構成する帰属分類群を界（内側） ～属または種（外側）へ一つの図として表示します。html ファイルなので、グラフにカーソルを合わせ、クリックすることで分類群の名前や分類階級をハイライトすることもできます。群集構造全体の理解を視覚的にサポートします。

全検体の、ある分類階級における帰属分類群の内訳を並べて表示します。検体間の群集構造の違いを俯瞰する際に便利です。

デンドログラムおよび、ヒートマップ画像が分類階級ごとに作成されます。

主成分の二次元プロット画像が分類階級ごとに作成されます。検体間の相違を散布図で示します。

※1 ご依頼内容や検体数によって納品されないファイルがあります。
※2 テクノスルガ・ラボ「微生物同定データベース」による界～種レベルの解析例です。
※3 論文投稿を前提とした解像度ではありません。論文投稿を目的とする場合には、別途「アンプリコンシーケンスデータ解析 (QIIME2)」または「統計分析ソフトRによるデータ解析」をご利用下さい。

価格・納期

試験項目

解析データベース

検体数

単位

単価 （税抜）

目安納期

アンプリコンシーケンス データ解析 (Metagenome@KIN)

RDP

1 ～ 

式

30,000 円

10 営業日

テクノスルガ・ラボ「微生物同定データベース」

1 ～ 

式

40,000 円

10 営業日

RDPおよびテクノスルガ ・ ラボ 「微生物同定データベース」

1 ～ 

式

60,000 円

10 営業日

ご依頼前の同意事項

・ メディア（DVD-R）による配送納品のみとなります。
・ ご依頼前の同意事項 (共通) を必ずご確認下さい。
・ ご依頼前の解析手法などの選択についてのアドバイスには可能な範囲で対応しますが、最終的な選択はお客様の責任にてご判断下さい。

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213-1_Data_analysis_Metagenome＠KIN_V7.zip

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]]> アンプリコンシーケンスデータ解析 (QIIME2) https://tecsla.jp/services/community-structure-analysis/dete-analytics/qiime2/ Tue, 07 Nov 2023 11:35:47 +0000 https://tecsla.jp/?page_id=280387 投稿 アンプリコンシーケンスデータ解析 (QIIME2) は TechnoSuruga Laboratory Co.,Ltd. に最初に表示されました。

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アンプリコンシーケンスデータ解析 (QIIME2)

特長

  • Amplicon Sequence Variant (ASV) 法により、相同率の高い近縁種同士の識別が可能

  • 学術論文で求められる二次解析 (多様性解析や統計解析の機能) が充実

概要

QIIME21）は代表配列の決定から多様性解析まで、アンプリコンシーケンス解析に必要なソフトウェアをまとめたオープンソースの解析パイプラインです。解析結果はqzvという独自のファイル形式になり、専用のwebサイトQIIME 2 View2）で閲覧でき、前身のQIIME13）と比べデータのアウトプットにおいてGUI的な側面も強化されています。
QIIME2がQIIME1と大きく異なる点は、代表配列の決定方法にあります。QIIME1で用いられるOperational Taxonomic Unit (OTU) 化は、一定の相同率 (例えば97%以上) の配列同士を同種由来とみなして代表配列をまとめていく方法です。一方、QIIME2のASV法は、数塩基の差異しかない配列同士について、その差異がPCRやシーケンシングの過程で生じたエラーに起因するのか、種内変異等の生物学的なイベントによるものなのかを統計学的に区別する代表配列決定法です。これにより、今まで「相同率97%だが実は別種であった可能性のある配列」を区別することで、より解像度の高いデータ解析を可能としています。

参考文献

  • (1)

    Bolyen E, Rideout JR, Dillon MR, Bokulich NA, Abnet CC, et al. Reproducible, interactive, scalable and
    extensible microbiome data science using QIIME 2.     Nat Biotechnol 2019;37:852–857.

  • (2)

    https://view.qiime2.org/
  • (3)

    Caporaso JG, Kuczynski J, Stombaugh J, Bittinger K, Bushman FD, et al. QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data. Nat Methods 2010;7:335–336.

受入可能な検体※1

検体の種類

形式※²

次世代シーケンサー ( NGS ) によるシーケンス生データ※³

fastq ファイル

※1 ご依頼の際、依頼書に付属のExcelファイルにSampleType (群分け情報) をご記入下さい。
※2 fastq以外のファイル形式については、お問い合わせ下さい。
※3 当社仕様で実施していないシーケンスデータの場合は、お問い合わせ下さい。

解析の流れ

  • fastqデータSample Typeの入力

  • プライマー配列の除去

  • 代表配列の決定（ASV法）

  • 相同性検索

  • 多様性解析

  • 統計解析

仕様・納品内容

仕様

一次解析

ASV アルゴリズム

DADA2

解析データベース

  • 細菌 ・ アーキア ： Greengenes あるいは SILVA

  • カビ・酵母 ： UNITE

推定可能な分類階級

界～種

報告内容

一次解析

代表配列とリード数の一覧

qzv ファイル

相同性検索結果 ( 表、 バーチャート )

仕様

二次解析

α多様性指数

chao1, shannon, simpson

α多様性指数の統計解析

Kruskal-Wallis 検定

β多様性の距離測定法

unweighted-unifrac, weighted-unifrac, bray-curtis

β多様性の統計解析

ANOSIM 検定

2D 主座標プロット描画

R (tidyverse, qiime2R)

ヒートマップ ・ クラスター分析

Ward 法

納品内容

二次解析

αレアファクションカーブおよび統計解析結果 ( 箱ひげ図 )

qzv ファイル

3D主座標分析結果および統計解析結果 ( 箱ひげ図 )

qzv ファイル

2D主座標プロット

pdf ファイル

ヒートマップ・クラスター分析結果

qzv ファイル

 報告サンプル

相同性検索結果 ( 表、 バーチャート )

αレアファクションカーブ

3D 主座標分析

価格・納期

試験項目

検体数

単位

単価 （税抜）

納期

アンプリコンシーケンスデータ解析 (QIIME2) 一次解析

3 ～ 

式

30,000 円

10 営業日

アンプリコンシーケンスデータ解析 (QIIME2) 二次解析

3 ～ 

式

30,000 円

10 営業日

アンプリコンシーケンスデータ解析 (QIIME2) 一次解析～二次解析

3 ～ 

式

60,000 円

10 営業日

ご依頼前の同意事項

・ メディア（DVD-R）による配送納品のみとなります。
・ ご依頼前の同意事項 (共通) を必ずご確認下さい。
・ ご依頼前の解析手法などの選択についてのご相談には可能な範囲で対応しますが、最終的なご判断はお客様の責任にてお願いいたします。

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213-2_Data_analysis_QIIME2＆PICRUSt2_v5.zip

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]]> 統計分析ソフトRによるデータ解析 https://tecsla.jp/services/community-structure-analysis/dete-analytics/r/ Tue, 07 Nov 2023 11:35:45 +0000 https://tecsla.jp/?page_id=280401 投稿 統計分析ソフトRによるデータ解析 は TechnoSuruga Laboratory Co.,Ltd. に最初に表示されました。

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統計分析ソフトRによるデータ解析

特長

  • 群集組成をヒートマップで表し、検体間のユークリッド距離に基づきクラスタリング (ヒートマップ・クラスター分析)

  • 群集組成の特徴を二変量に縮約し、二次元プロット図で表現 (主成分分析)

  • 群集組成の異同を検体間または群間で比較 (検体間・群間比較 / ベン図)

  • 複数検体間または群間のデータのばらつきを可視化し、有意差検定を実施 (群間比較 / 箱ひげ図)

概要

アンプリコンシーケンス・データ解析、QIIME2解析、T-RFLPフローラ解析 (MN法) の各結果を基に、論文投稿や学会発表向けに必要な作図や統計学的検定を統計分析ソフトウェアR1,2）で実施します。

参考文献

  • (1)

    R Core Team. R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing 2013.

  • (2)

    https://r-project.org

受入可能な検体

検体の種類

形式※¹

アンプリコンシーケンス ・ データ解析結果 (Metagenome@KIN)

csvファイル

QIIME2 （一次解析） 出力データファイル※²
( 全検体の代表配列とリード数含む )

qza, qzv ファイル

T-RFLP フローラ解析結果

Excel ファイル

※1　当社仕様で実施していないデータ解析をご希望の場合は、お問い合わせ下さい。
※2　QIIME1による出力結果での解析も承りますので、お問い合わせ下さい。

解析の流れ

  • データフォーマット

  • Rによる解析

仕様

試験項目

内容

ヒートマップ ・ クラスター分析

検体間のユークリッド距離を求め、Ward 法によりクラスタリングします。 0.1％以上の各帰属分類群の構成比率を Z スコアに換算し、色の濃淡で表現します。

主成分分析


検体間の相関行列を基に、主成分分析を行います。群集組成の特徴を、分散が最も大きい二変量に縮約し、二次元プロットへ投影します。

検体間 ・ 群間比較 ( ベン図 )

2 検体～ 5 検体間における共通または特異的な帰属分類群を抽出し、菌叢の異同をベン図で表現します。被験者の性別や抗生物質の投与などで群分けすることで、 群間比較に使用します。

群間比較 ( 箱ひげ図※)

複数検体間または群間でデータのばらつきを可視化、比較します。 t 検定、ノンパラメトリック検定や多重比較検定などの統計学的有意差検定を行います。

    ※　QIIME1の二次解析結果 (α多様性解析、β多様性解析) での解析をご希望の場合は、お問い合わせ下さい。

    納品内容

    試験項目

    内容

    内容

    ヒートマップ ・ クラスター分析


    ヒートマップ ・ クラスター分析結果

    tiff ファイル

    検体間の群集組成の系統関係

    主成分分析

    二次元プロット図

    tiff ファイル

    検体間 ・ 群間比較 ( ベン図 )

    ベン図

    tiff ファイル

    描画元データ

    Excel ファイル

    群間比較 ( 箱ひげ図 )

    箱ひげ図

    tiff ファイル

    統計学的有意差検定結果

    Excel ファイル

    報告サンプル

    ヒートマップ ・ クラスター分析

    二次元プロット図

    ベン図

    箱ひげ図

    検体間の群集組成の系統関係

    価格・納期

    試験項目

    検体数

    単位

    単価（税抜）

    目安納期

    ヒートマップ ・ クラスター分析

    3 ～

    式

    20,000 円

    10 営業日

    主成分分析

    3 ～

    式

    20,000 円

    10 営業日

    ベン図

    2 ～

    式

    20,000 円

    10 営業日

    箱ひげ図作成

    2 ～

    式

    20,000 円

    10 営業日

    ご依頼前の同意事項

    ・ オプション解析のため、図表データのみの納品となります。
    ・ メディア (DVD-R) による配送納品のみとなります。
    ・ ご依頼前の同意事項（共通）を必ずご確認下さい。
    ・ ご依頼前の解析手法などの選択についてのご相談には可能な範囲で対応しますが、最終的なご判断はお客様の責任にてお願いいたします。

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    213-3_Data_analysis_R_V5.zip

    投稿 統計分析ソフトRによるデータ解析 は TechnoSuruga Laboratory Co.,Ltd. に最初に表示されました。

    ]]>         PICRUSt2による予測メタゲノム解析 https://tecsla.jp/services/community-structure-analysis/dete-analytics/metagenom/ Tue, 07 Nov 2023 11:35:44 +0000 https://tecsla.jp/?page_id=280409 投稿 PICRUSt2による予測メタゲノム解析 は TechnoSuruga Laboratory Co.,Ltd. に最初に表示されました。

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    PICRUSt2による予測メタゲノム解析

    特長

    • 16S rDNAのアンプリコンシーケンス解析データ (QIIME2) から、 遺伝子の機能を予測

    • 予測された遺伝子に付与された2種類の機能分類に基づく遺伝子組成を推定
      ・Clusters of Orthologous Genes (COG)：COGデータベースに基づく機能分類
      ・Enzyme Commision numbers (EC):酵素の種類に基づいた機能分類

    概要

    予測メタゲノム解析は、検体に含まれる細菌叢が持つ遺伝子の機能を予測する解析手法です。
    16S rRNA遺伝子(16S rDNA)のアンプリコンシーケンス解析データを用いて解析することができ、ショットガンメタゲノム解析の代替法として利用されています。PICRUSt21) による解析では、QIIME2で出力した代表配列とリード数を基に、細菌叢が持つ遺伝子の機能を予測します。

    参考文献

    • (1)

      Douglas GM, Maff ei VJ. Zaneveld JR, Yurgel SN, Brown JR, et al. PICRUSt2 for prediction of metagenome
      functions.       Nat. Biotechnol. 2020 ;38(6):685–688

    受入可能な検体

    検体の種類

    形式

    QIIME2 ( 一次解析 ) 出力データファイル
    ( 全検体の代表配列とリード数含む )

    qza, qzv ファイル

    • アンプリコンシーケンス解析の生データでご依頼の場合は、QIIME2 の一次解析が必要です。

    解析の流れ

    • 代表配列をリファレンス配列へアライメント

    • 系統樹の作成

    • 代表配列リード数のノーマライズ

    • COG、ECを使用した遺伝子の機能予測

    • 遺伝子の機能組成表の集計

    仕様

    解析ソフトウェア

    解析データベース

    内容

    PICRUSt2

    Clusters of Orthologous Genes (COG) および Enzyme Commision numbers (EC)

    QIIME2 で出力した代表配列とリード数を基に、細菌叢が持つ遺伝子の機能を予測します。

    納品内容

    報告内容

    形式

    系統樹

    リファレンス配列と検体の代表配列を含めて描画した系統樹

    tre ファイル

    補正された代表配列の存在量

    リファレンス配列のゲノム情報に含まれる 16S rDNAコピー数を基に補正された、 代表配列の存在量

    tsv ファイル

    Nearest-sequenced taxon index

    遺伝子機能の予測精度の評価結果

    予測された遺伝子の存在量

    2 種類のデータベース (COG、 EC) を用いた遺伝子機能予測の結果と、 各遺伝子の推定存在量

    報告サンプル

    価格・納期

    試験項目

    検体数

    単位

    単価（税抜）

    目安納期

    PICRUSt2 による予測メタゲノム解析※

    1 ～

    式

    28,000 円

    8 営業日

    ※　QIIME2の出力データ（一次解析結果）が必須となります。 当社仕様で実施していないQIIME2の出力データの場合はお問い合わせ下さい。

    ご依頼前の同意事項

    ・ メディア（DVD-R）による配送納品のみとなります。
    ・ ご依頼前の同意事項（共通）を必ずご確認下さい。
    ・ ご依頼前の解析手法などの選択についてのご相談には可能な範囲で対応しますが、最終的なご判断はお客様の責任にてお願いいたします。

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    213-2_Data_analysis_QIIME2＆PICRUSt2_v5.zip

    投稿 PICRUSt2による予測メタゲノム解析 は TechnoSuruga Laboratory Co.,Ltd. に最初に表示されました。

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