特長

概要

様々な種類の食品や環境検体などからDNAを抽出します。

受入可能な検体

必要検体量・送付方法

※　外洋海水、深海堆積物など、生物量が少ないと考えられる検体についてはお問い合わせ下さい。

作業の流れ

仕様

※　検体の種類によって、試薬、キットを変更します。他のDNA抽出キットを使用したDNA抽出をご希望の場合、お問い合わせ下さい。

納品内容

TEバッファーに溶解したDNAを70 μL以上納品します。吸光度測定によるDNA濃度測定結果を報告します。

報告書サンプル

価格納期

当社では、2025年8月1日よりアンプリコンシーケンス解析に使用するシーケンサーを、MiSeq®（Illumina社）からMiSeq® i100シリーズ（Illumina社）へ切り替えました。
MiSeq i100シリーズは、従来のMiSeqに比べて、より低コストかつ短納期での解析が可能です。
なお、従来のMiSeqでの解析については、メーカーからの当該機器の販売終了などを考慮し、2026年7月末日頃まで継続の予定です。ご希望の方は［従来機「MiSeq」をご利用希望の方］をご覧ください。

※MiSeq®はIllumina社の登録商標です。

特長

概要

土壌、環境水などの多様な生物種が混在する検体中の生物群集を解析する優れた方法のひとつです。生物種が混在する検体から直接抽出した混合DNAについて、検体を識別するためのバーコード配列を付加したプライマーによりPCR増幅～シーケンス解析を行い、一度に数万～数十万の配列を得る手法です。
検体ごとに異なるバーコード配列が付加されているため、数十種類の異なる検体由来の混合DNAを一度に解析しても、バーコード配列をもとに得られた塩基配列がどの検体に由来するかを判別することができます。一度の解析で大量の塩基配列を得ることができることから、短時間でマイナーな細菌（カビ・酵母）の検出も可能です。多検体、多数の塩基配列解析を行う場合のコストパフォーマンスに優れています。
データ解析のソフトウェアは、「Metagenome@KIN」または「QIIME2」の2種類から選択が可能です。

受入可能な検体

必要検体量・送付方法

※外洋海水、新戒堆積物などの生物量が少ないと考えられる検体についてはお問い合わせ下さい。

解析の流れ

※データ解析の工程はセット1、セット2で異なります。

仕様

*1　解析領域の違いによる結果の違いについては、当社では考察しません。
*2　3万リード取得を目安に解析を実施しますが、獲得できる配列数は検体の性状により変動します。
*3　植物由来DNAのPCR増幅を抑制し、細菌DNAを検出しやすくします。
*4　データ解析は、セット1またはセット2のどちらかをご選択下さい。
*5　RDP (Ribosomal Database Project)、Greengenes database、SILVA databaseおよびUNITEは公共の解析データベースです。
*6　セット2 (QIIME2) は一次解析までの報告です。二次解析 (多様性解析、統計解析) は、別途追加解析をご指示下さい。
*7　GreengenesまたはSILVAのどちらかをご選択下さい。データベースの違いによる結果の違いについては、当社では考察しません。
*8　標準仕様のV3～V4領域のプライマー配列の一部を改変し、Anammox菌 (嫌気性アンモニア酸化細菌)の検出効率を上げています。

納品内容

価格・納期

• セット2をご選択いただいた場合、 多様性解析や統計解析(二次解析)が可能です。費用は一式 ＋30,000円 (税抜) 納期は＋5営業日となります。

*1 　2つ以上の領域を同時に解析する場合には、1領域追加ごとにDNA抽出の重複費用として1検体当たり7,000 (税抜)を減額します。
*2　 2つ以上の領域を同時に解析する場合には、1領域追加ごとに納期は＋5営業日の追加になります。
*3　 PCR増幅が確認されないなど検体の性質に帰因する不具合により作業のやり直しが発生する場合は納期を延長させていただく場合があります。

従来機「MiSeq」をご利用希望の方

従来機MiSeqでの解析をご希望のお客様は、本ページ下部の「従来機MiSeqでの解析」用依頼書をダウンロードして、必要事項をご記入のうえ、ご依頼ください。

なお、今回の切り替えにあたり、MiSeqとMiSeq i100シリーズの比較解析を当社にて実施いたしました。
結果を以下よりご確認いただけますので、ご検討の際の参考資料としてぜひご覧ください。
▶　MiSeq®とMiSeq® i100シリーズの比較解析結果（当社実施）

※異なるシーケンサープラットフォームの利用による結果の違いについては、当社では考察しません。あらかじめご了承ください。

■価格・納期

• セット2をご選択いただいた場合、 多様性解析や統計解析(二次解析)が可能です。費用は一式 ＋30,000円 (税抜) 納期は＋5営業日となります。

*1 　2つ以上の領域を同時に解析する場合には、1領域追加ごとにDNA抽出の重複費用として1検体当たり3,000 (税抜)を減額します。
*2　 2つ以上の領域を同時に解析する場合には、1領域追加ごとに納期は＋5営業日の追加になります。

■仕様

*1　解析領域の違いによる結果の違いについては、当社では考察しません。
*2　クオリティーフィルタリング、キメラチェック後のリード数です。
*3　植物由来DNAのPCR増幅を抑制し、細菌DNAを検出しやすくします。
*4　データ解析は、セット1またはセット2のどちらかをご選択下さい。
*5　RDP (Ribosomal Database Project)、Greengenes database、SILVA databaseおよびUNITEは公共の解析データベースです。
*6　セット2 (QIIME2) は一次解析までの報告です。二次解析 (多様性解析、統計解析) は、別途追加解析をご指示下さい。
*7　GreengenesまたはSILVAのどちらかをご選択下さい。データベースの違いによる結果の違いについては、当社では考察しません。
*8　標準仕様のV3～V4領域のプライマー配列の一部を改変し、Anammox菌 (嫌気性アンモニア酸化細菌)の検出効率を上げています。

関連ページ

特長

概要

検体中に含まれる特定の帰属分類群の遺伝子を、リアルタイムPCRシステムにより指数関数的に増幅するDNAの量をリアルタイムにモニタリングします。
全細菌や全アーキアのコピー数と比較することで、検体中の標的菌群の割合を推定可能です。

受入可能な検体

必要検体量・送付方法

• 外洋海水、新戒堆積物などの生物量が少ないと考えられる検体についてはお問い合わせ下さい。

作業の流れ

仕様

リアルタイムPCR装置を用いて、ご指定いただいたプライマーでPCR増幅し、目的とする微生物のDNA量(コピー数)を絶対定量します。

当社保有プライマー

全菌数

全真正細菌、全アーキア、カビ・酵母 ITS　［詳細はこちら］

環境アーキア

メタン菌、Methanobacteriaceae科、Methanoculleus属、Methanolobus属、Methanomethylovorans属、
Methanosarcina属、 Methanospirillum属　［詳細はこちら］

環境水 ( 海水・ 地下水など）

Aeromonas 属、Vibrio 属、Vibrio vulnificus、Vibrio parahaemolyticus、Legionella 属、Legionella pneumophila、
Serratia marcescens　［詳細はこちら］

バイオ浄化

Dehalobacter 属、Dehalococcoides 属　［詳細はこちら］

バイオリーチング

Acidithiobacillus thiooxidans 、Sulfobacillus 属　［詳細はこちら］

窒素循環 ( 硝化／脱窒)

Gardnerella vaginalis　［詳細はこちら］

微生物腐食

アンモニア酸化細菌、アンモニア酸化アーキア、Anammox細菌、亜硝酸還元菌、窒素固定細菌、亜酸化窒素還元菌、
亜硝酸酸化細菌(Nitrobacter 属)、亜硝酸酸化細菌(Nitrospira 属)、Pseudomonas aeruginosa　［詳細はこちら］

食品

酢酸菌、Alicyclobacillus 属、Bacillus subtilis、Levilactobacillus brevis、Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus、
Lactiplantibacillus paraplantarum、Lactiplantibacillus plantarum、Streptococcus thermophilus　［詳細はこちら］

その他

メタン酸化細菌、水素産生菌、Candidate Division TM7、Thiothrix属、Alphaproteobacteria綱　［詳細はこちら］

価格・納期

参考文献

特長

概要

検体中に含まれる特定の帰属分類群や特定機能遺伝子をターゲットにしたプライマーセットを用いて、PCR増幅、電気泳動を行い、目的塩基長のバンドが出現することを確認して定性を行う試験です。

受入可能な検体

必要検体量・送付方法

• 外洋海水、新戒堆積物などの生物量が少ないと考えられる検体についてはお問い合わせ下さい。

作業の流れ

仕様

ご指定いただいたプライマーを用いてPCR増幅します。特異プライマーPCR増幅産物の有無をアガロースゲル電気泳動により確認し、電気泳動後のゲル画像を報告します。

当社保有プライマー

全菌数

全真正細菌、全アーキア、カビ・酵母 ITS　［詳細はこちら］

環境アーキア

メタン菌、Methanobacteriaceae科、Methanoculleus属、Methanolobus属、Methanomethylovorans属、
Methanosarcina属、 Methanospirillum属　［詳細はこちら］

環境水 ( 海水・ 地下水など）

Aeromonas 属、Vibrio 属、Vibrio vulnificus、Vibrio parahaemolyticus、Legionella 属、Legionella pneumophila、
Serratia marcescens　［詳細はこちら］

バイオ浄化

Dehalobacter 属、Dehalococcoides 属　［詳細はこちら］

バイオリーチング

Acidithiobacillus thiooxidans 、Sulfobacillus 属　［詳細はこちら］

窒素循環 ( 硝化／脱窒)

Gardnerella vaginalis　［詳細はこちら］

微生物腐食

アンモニア酸化細菌、アンモニア酸化アーキア、Anammox細菌、亜硝酸還元菌、窒素固定細菌、亜酸化窒素還元菌、
亜硝酸酸化細菌(Nitrobacter 属)、亜硝酸酸化細菌(Nitrospira 属)、Pseudomonas aeruginosa　［詳細はこちら］

食品

酢酸菌、Alicyclobacillus 属、Bacillus subtilis、Levilactobacillus brevis、Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus、
Lactiplantibacillus paraplantarum、Lactiplantibacillus plantarum、Streptococcus thermophilus　［詳細はこちら］

その他

メタン酸化細菌、水素産生菌、Candidate Division TM7、Thiothrix属、Alphaproteobacteria綱　［詳細はこちら］

価格・納期