アンプリコンシーケンス解析は、多様な生物種が混在する検体中の生物群集を解析する優れた方法のひとつです。
検体から直接抽出した混合DNAについて、検体を識別するためのバーコード配列を付加したプライマーによりPCR増幅～シーケンス解析を行い、一度に数万～数十万の配列を得ます。
検体ごとに異なるバーコード配列が付加されているため、数十種類の異なる検体由来の混合DNAを一度に解析しても、バーコード配列をもとに得られた塩基配列がどの検体に由来するかを判別することができます。一度の解析で大量の塩基配列を得ることができ、また、マイナーな細菌を含め網羅的に細菌（カビ・酵母）を検出することができます。多検体、多数の塩基配列解析を行う場合のコストパフォーマンスにも優れます。

※ 血液、臓器、細胞組織およびそれらが付着した検体の受け入れはできません。
※ 哺乳類・鳥類などの野生動物 (野良も含む) 由来の検体は、送付前にお客様の元で加熱処理（85℃ 15分以上）をお願いします。

※保存液は捨てずに検体を採取し、 採取後も採取容器は冷凍せず、保存液の中に検体が入った状態でご送付下さい。

※データ解析の工程はセット1、セット2で異なります。

 *1　解析領域の違いによる結果の違いについては、当社では考察しません。
 *2　標準仕様のV3 ～ V4領域のプライマー配列の一部を改変し、アクネ菌(Cutibacterium acnes)の検出効率を上げています。
 *3　3万リード取得を目安に解析を実施しますが、獲得できる配列数は検体の性状により変動します。
 *4　データ解析は、セット1またはセット2のどちらかをご選択下さい。
 *5　RDP (Ribosomal Database Project)、Greengenes database、SILVA databaseおよびUNITEは公共の解析データベースです。
 *6　セット2 (QIIME2) は一次解析までの報告です。二次解析 (多様性解析、統計解析) は、別途追加解析のご指示を下さい。
 *7　GreengenesまたはSILVAのどちらかご選択下さい。データベースの違いによる結果の違いについては、当社では考察しません。

• セット2をご選択いただいた場合、 多様性解析や統計解析(二次解析)が可能です。費用は一式 ＋30,000円 (税抜) 納期は＋5営業日となります。

*1 　2つ以上の領域を同時に解析する場合には、1領域追加ごとにDNA抽出の重複費用として1検体当たりA区分 3,500円 (税抜) 、B区分7,000円 (税抜)を減額します。
*2　 2つ以上の領域を同時に解析する場合には、1領域追加ごとに納期は＋5営業日の追加になります。
*3　 PCR増幅が確認されないなど検体の性質に帰因する不具合により作業のやり直しが発生する場合は納期を延長させていただく場合があります。

従来機MiSeqでの解析をご希望のお客様は、本ページ下部の「従来機MiSeqでの解析」用依頼書をダウンロードして、必要事項をご記入のうえ、ご依頼ください。

なお、今回の切り替えにあたり、MiSeqとMiSeq i100シリーズの比較解析を当社にて実施いたしました。
結果を以下よりご確認いただけますので、ご検討の際の参考資料としてぜひご覧ください。
▶　MiSeq®とMiSeq® i100シリーズの比較解析結果（当社実施）

※異なるシーケンサープラットフォームの利用による結果の違いについては、当社では考察しません。あらかじめご了承ください。

■価格・納期

• セット2をご選択いただいた場合、 多様性解析や統計解析(二次解析)が可能です。費用は一式 ＋30,000円 (税抜) 納期は＋5営業日となります。

*1 　2つ以上の領域を同時に解析する場合には、1領域追加ごとにDNA抽出の重複費用として1検体当たり3,000円 (税抜)を減額します。
*2　 2つ以上の領域を同時に解析する場合には、1領域追加ごとに納期は＋5営業日の追加になります。

■仕様

*1　解析領域の違いによる結果の違いについては、当社では考察しません。
*2　標準仕様のV3 ～ V4領域のプライマー配列の一部を改変し、アクネ菌(Cutibacterium acnes)の検出効率を上げています。
*3　クオリティーフィルタリング、キメラチェック後のリード数です。
*4　データ解析は、セット1またはセット2のどちらかをご選択下さい。
*5　RDP (Ribosomal Database Project)、Greengenes database、SILVA databaseおよびUNITEは公共の解析データベースです。
*6　セット2 (QIIME2) は一次解析までの報告です。二次解析 (多様性解析、統計解析) は、別途追加解析のご指示を下さい。
*7　GreengenesまたはSILVAのどちらかご選択下さい。データベースの違いによる結果の違いについては、当社では考察しません。

１，JMBC (日本マイクロバイオームコンソーシアム)推奨プロトコルに基づく、糞便中細菌叢の解析

２，土壌、環境水、活性汚泥、食品、発酵検体などの環境由来検体に対応したアンプリコンシーケンス解析

※ 血液、臓器、細胞組織およびそれらが付着した検体の受け入れはできません。
※ ヒト以外の糞便検体でのDNA抽出はご相談下さい。

※保存液は捨てずに検体を採取し、採取後も採取容器は冷凍せず、保存液の中に検体が入った状態でご送付下さい。保管温度帯は腸内環境用糞便採取キット・採取容器のページをご参照下さい。

※　JMBC 推奨プロトコルはシーケンスによる配列決定までとなります。

仕様

*1　3万リード取得を目安に解析を実施しますが、獲得できる配列数は検体の性状により変動します。
*2　データ解析は、セット1またはセット2のどちらかをご選択下さい。
*3　RDP (Ribosomal Database Project)、Greengenes databaseおよびSILVA databaseは公共の解析データベースです。
*4　セット2 (QIIME2) は一次解析までの報告です。二次解析 (多様性解析、統計解析) は、別途追加解析のご指示を下さい。
*5　GreengenesまたはSILVAのどちらかをご選択下さい。データベースの違いによる結果の違いについては、当社では考察しません。

• セット2をご選択いただいた場合、多様性解析や統計解析(二次解析)が可能です。費用は一式 ＋30,000円 (税抜) 納期は＋5営業日となります。

*1　 PCR増幅が確認されないなど検体の性質に帰因する不具合により作業のやり直しが発生する場合は納期を延長させていただく場合があります。
*2　 リアルタイムPCR解析などを同時にご依頼いただく場合、DNA抽出の重複費用として1検体あたり6,000円（税抜）を減額します。

従来機MiSeqでの解析をご希望のお客様は、本ページ下部の「従来機MiSeqでの解析」用依頼書をダウンロードして、必要事項をご記入のうえ、ご依頼ください。

なお、今回の切り替えにあたり、MiSeqとMiSeq i100シリーズの比較解析を当社にて実施いたしました。
結果を以下よりご確認いただけますので、ご検討の際の参考資料としてぜひご覧ください。
▶　MiSeq®とMiSeq® i100シリーズの比較解析結果（当社実施）

※異なるシーケンサープラットフォームの利用による結果の違いについては、当社では考察しません。あらかじめご了承ください。

■価格・納期

• セット2をご選択いただいた場合、多様性解析や統計解析(二次解析)が可能です。費用は一式 ＋30,000円 (税抜) 納期は＋5営業日となります。

■仕様

*1　クオリティーフィルタリング、キメラチェック後のリード数です。
*2　データ解析は、セット1またはセット2のどちらかをご選択下さい。
*3　RDP (Ribosomal Database Project)、Greengenes databaseおよびSILVA databaseは公共の解析データベースです。
*4　セット2 (QIIME2) は一次解析までの報告です。二次解析 (多様性解析、統計解析) は、別途追加解析のご指示を下さい。
*5　GreengenesまたはSILVAのどちらかをご選択下さい。データベースの違いによる結果の違いについては、当社では考察しません。

参考文献

１）Tourlousse DM, Narita K, Miura T, Sakamoto M, Ohashi A et al . Validation and standardization of DNA extraction and library construction methods for metagenomics-based human fecal microbiome measurements. Microbiome 2021;9:95.

２）JMBC 糞便メタゲノム解析推奨プロトコル ver2.1.
http://www.jmbc.life/news/images/SOPv1.2.pdf

特長

概要

各OTUの分類群と推定される菌種一覧

▼各OTUの分類群と推定される菌種一覧（クリックするとPDFファイルが開きます）

参考文献

受入可能な検体

• 血液、臓器、細胞組織およびそれらが付着した検体の受け入れはできません。

必要検体量・送付方法

• 保存液は捨てずに検体を採取し、採取後も採取容器は冷凍せず、保存液の中に検体が入った状態でご送付下さい。冷凍する場合の保管温度帯は腸内環境分析用 糞便採取キット・採取容器のページをご参照下さい。

生体由来検体の返送

糞便採取容器「ブラシ型」を使いご依頼頂いた場合、元検体の返送はできません。

解析の流れ

MN-1法 (DNA精製あり)

仕様・納品内容

DNAシーケンサー (ABI PRISM 3500xl DNA Genetic Analyzer) で検体の細菌叢に由来する16S rDNA部分塩基配列のフラグメント解析を行います。
追加のデータ解析 (クラスター分析、主成分分析、群間比較 (箱ひげ図、ベン図) ) につきましては、「統計解析ソフトRによるデータ解析」の章をご参照下さい。

価格・納期

糞便理化学分析と同時依頼の場合は、お問い合わせ下さい。

•  DNA抽出物の返送をご希望の場合には、MN-2法をお選び下さい。詳しくはページ上部の「概要」をご参照下さい。