技術情報_群集構造解析アーカイブ - TechnoSuruga Laboratory Co.,Ltd.

MiSeq®とMiSeq® i100シリーズの比較解析結果（当社実施）

tslseeqadmin — Tue, 22 Jul 2025 01:28:12 +0000

MiSeq®とMiSeq® i100シリーズの比較解析結果（当社実施）

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概要

このたび当社では、次世代シーケンサーMiSeq® i100シリーズ（Illumina）を新たに導入いたしました。
本機種は、従来の MiSeq® と比べて、解析精度・処理能力の両面で優れており、より効率的かつ迅速なデータ提供が可能です。
本ページでは、当社内で実施した MiSeqとMiSeq i100シリーズの比較解析結果をご紹介しております。ご参考になれば幸いです。

なお、従来機MiSeqについては、2026年7月末日頃まで継続の予定です。

※MiSeq®はIllumina社の登録商標です。

解析結果

MiSeq i100シリーズによる配列クオリティーは、従来のMiSeqと比較して大幅に向上していることが確認されました。
Illumina社の報告によれば、シーケンスプラットフォームの違いによる菌叢構成への影響について、統計的に有意な差は認められませんでした（参考文献：High-accuracy nextgeneration sequencing with the MiSeq™ i100 Series）。
当社におけるアンプリコンシーケンス解析においても、MiSeqとMiSeq i100シリーズの結果に相違がないことを確認しております。

配列クオリティーの比較

従来のMiSeqでは、リード長が長くなるにつれて配列クオリティーが低下する傾向が見られましたが、MiSeq i100シリーズでは安定したクオリティを維持しています。

菌叢構造の比較（種レベル）

検体ごとに菌種構成の違いはあるものの、使用機種（MiSeq／MiSeq i100シリーズ）による明確な違いは確認されませんでした。

β多様性主座標分析（bray-curtis距離）

β多様性に関しても、検体による菌叢構造の違いはあるものの、機種（MiSeq／MiSeq i100シリーズ）による影響は確認されませんでした。

腸内細菌叢（腸内フローラ）解析専用糞便採取キット

tslseeqadmin — Tue, 17 Jun 2025 04:17:24 +0000

腸内細菌叢（腸内フローラ）解析専用糞便採取キット

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腸内細菌叢（腸内フローラ）の解析は、研究からヘルスケアまで急速に広がっています。学術分野では、基礎から臨床まで多くの論文が発表され、ビジネスでは個人の腸内環境を層別化するサービスが次々登場しています。現在、腸内細菌叢は重要な研究テーマであり、新規事業の柱としても注目されています。

本キットは、腸内環境分析で20年以上の実績を持つ当社が開発した、腸内細菌叢解析専用の糞便採取キットです。次世代シーケンサー（NGS）による解析に対応し、正確な菌叢データ取得を支援します。保存液により採取した糞便中の菌叢を室温で1か月間保存可能です。長さ11.6cm・直径0.9cmのスリム設計で、採便・輸送・保管の負担を軽減します。また、腸内細菌叢に関する多くの学術論文でも採用されています。

当社糞便採取キットは、腸内環境研究と事業展開の可能性を広げます。

腸内細菌叢解析専用糞便採取キットとは

特長

室温での長期保存が可能
採取後の糞便中の菌叢を、室温で1か月間安定的に保存できます。これにより、輸送や保管時の温度管理が容易となり、輸送時のコスト削減と運用の効率化に貢献します。

使いやすいスリムな形状
採取容器は長さ11.6cm、直径0.9cmのコンパクトな形状で、容易に糞便を採取できます。被験者の負担を軽減し、スムーズなサンプル収集を実現します。

採取シート付きキットもご用意
お客様が使いやすいよう、採取シート付きのキットセットもラインナップ。回収率の向上や被験者の安心感につながります。

学術的に検証された保存性能
保存液の性能は学術論文にて検証済みです^※。また、腸内細菌叢解析に関する多数の研究において、当社キットが採用されています。当社キットを利用することで、信頼性の高いデータを取得することができます。

※参考論文で使用された保存液と同様のものを使用しています。
Takagi T, Kunihiro T, Takahashi S, Hisada T, Nagashima K,Mochizuki J, Naito Y.A newly developed solution for the preservation of short-chain fatty acids,bile acids, and microbiota in fecal specimens.Journal of Clinical Biochemistry and Nutrition, 2023;72:263.

ラインナップ

糞便採取キット（FS-0017）

■ 糞便採取キット
採便に必要なものをチャック付き袋に個包装しています。
被験者への配布がそのまま可能で、運用の手間を軽減します。
〈内容物〉
・採取容器
・採取シート
・取扱説明書

糞便採取容器（FS-0016）

■ 糞便採取容器
採取容器のみの構成です。
採取シートや取扱説明書が不要な場合にはこちらをご選択ください。

糞便採取フロー

ご利用事例

■ 学術研究分野
食物繊維と腸内細菌叢の関係や各種疾患と腸内細菌叢の関連など、基礎研究から臨床研究まで、多くの研究において当社キットが活用されています。大学など公的研究機関における腸内環境の解析や関連分野の研究に貢献しています。

■ 製品の研究・開発分野
企業の製品開発でも、当社の糞便採取キットが活用されています。たとえば、機能性食品と腸内細菌叢の関係を調べる際に、当社キットで糞便を採取し、アンプリコンシーケンス解析することで、機能性食品と菌叢の相関を評価できます。

■ 腸内細菌叢層別化サービス分野
個人向けおよび医療機関向けの腸内フローラ層別化サービスにおいて、当社糞便採取キットが活用されています。学術レベルの保存性や扱いやすいスリム設計が、ヘルスケアビジネスの発展に寄与しています。

よくあるご質問

■ 最小購入ロットと納期について教えてください。
キットの場合は10 キットから、容器のみの場合は10 本からご購入いただけます。
納期はご注文数によって異なりますが、最短で5 営業日程度となります。
詳細は［価格・納期］をご確認ください。

■ 使用期間はどれぐらいですか。
未使用の場合の使用期限は、納品後6 ヶ月となります。
また、採便後の保存期間が1 ヶ月となります。
詳細は［採便前後の使用期限と保存方法］をご確認ください。

■ 使用時期に合わせて分納は可能ですか。
はい、分納に対応しております。
使用期限のある製品のため、ご利用時期に合わせて分納スケジュールをご指示ください。
一度のご注文数が多い場合、納期が長くなる場合がありますので、お早めにご相談いただけるとスムーズです。

■ 冷凍保存は可能ですか。
容器は冷凍保存に対応しておらず、冷凍すると破損する恐れがあります。そのため、室温での保存（冷蔵推奨）をお願いいたします。

■ ヒトへの医療、臨床診断には使用できますか。
本製品は、研究用試薬（キット）であり医療品や医療器具ではありません。ヒトへの医療、臨床診断にはご使用いただけません。

■ サンプル品はありますか。
はい、サンプル品のご提供が可能です。ご希望の場合は当社営業部までご連絡ください。

■ 容器内の検体はどのように取り出せばよいですか？
容器を逆さまにして、先端部分に残っている検体をすべて容器本体側に移動させてください。その後、先端をハサミでカットし、検体を別の容器に移します。
糞便からのDNA抽出方法については［こちら］ご参照ください。

採便前後の使用期限と保存方法

※容器が破損する恐れがありますので、冷凍保存しないで下さい。

	未使用（採便前）	採便後の輸送	採便後
使用期限、保存期限	納品後6ヵ月	ー	保存1 ヶ月以内（菌叢を1 ヶ月保持）
保存方法	室温／冷蔵	冷蔵（常温輸送可）	室温（冷蔵推奨）

オプション品

■ 専用保管箱（紙製・100 本立て）
糞便採取容器を1 本ずつ立てて収納できる、専用の紙製保管箱です。
箱は書き込みが可能で、検体管理にも便利です。
納品時は上蓋付きでお届けします。

外寸法：長さ147mm × 幅147mm × 高さ125mm

価格・納期

	入数	価格(税抜)	納期
糞便採取容器（FS－0016）	10 本	7,500 円	5 営業日 ( 北海道、青森県、秋田県、沖縄県、九州などは 6 営業日 )
	30 本	21,000 円
	50 本	32,500 円
	100 本	63,000 円
糞便採取キット（FS－0017）	10 本	10,000 円
	30 本	28,500 円
	50 本	45,000 円
	100 本	88,000 円
専用保管箱（FS－0011B）	1 箱	2,400 円

腸内細菌叢解析の受託サービス

腸内細菌叢解析を受託しています。
糞便採取キットで採取した糞便検体を当社にご送付いただければ、DNA抽出からデータ解析までワンストップ対応します。
事前の相談を含め、詳しくはお気軽にお問い合わせください。オンラインでの打ち合わせにも対応します。

生体 DNA抽出の詳細は[こちらから]
生体 DNA 抽出 (JMBC 推奨プロトコル)の詳細は[こちらから]
生体アンプリコンシーケンス解析の詳細は[こちらから]
生体アンプリコンシーケンス解析 (JMBC 推奨プロトコル)の詳細は[こちらから]

お問い合わせフォーム

ご質問・ご要望などがありましたら、お気軽にお問い合わせください。
お問い合わせいただいた後、担当者よりご連絡いたします。

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腸内環境研究の受託サービス（短鎖脂肪酸、腸内細菌叢）

tslseeqadmin — Sun, 13 Apr 2025 23:30:55 +0000

腸内環境研究の受託サービス（短鎖脂肪酸、腸内細菌叢）

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背景

腸管内に存在する有機酸は、腸内細菌が食物繊維や炭水化物を代謝した代謝産物です。また、タンパク質やペプチドの消化でも増加することが知られています。近年、有機酸の中でも特に短鎖脂肪酸（SCFA）については、GPR41やGPR43など宿主の受容体を介して肥満や糖尿病に関連することが報告されています。そしてこれらの代謝産物は腸内細菌叢と密接に関係しており、ヒトの健康に関する研究では短鎖脂肪酸と腸内細菌叢の両方を評価する動きが広がっています。

当社は、腸内環境の研究に取り組む企業やアカデミアの皆様に向けて、糞便中有機酸（短鎖脂肪酸）分析や腸内細菌叢解析の受託サービスを提供しています。当社がお届けした結果は、ヘルスケア分野の食品の機能性評価、製品開発、臨床研究、学術論文など多くの分野で活用されています。当社は、受託サービスを通して腸内環境の研究に携わる皆様をサポートいたします。

短鎖脂肪酸分析や腸内細菌叢解析を委託する際、各分析を複数の機関に依頼するためには、分析の数だけ糞便検体を採取する必要があります。このことは、被験者や研究者の負担が大きくなる一因となります。また、糞便検体は採取後すぐに凍結し、冷凍便で送付する必要があるためコストも大きくなります。

当社では、短鎖脂肪酸分析と腸内細菌叢解析の一括受託ができますので、お客様の業務の効率化が図れます。
さらに、当社では、分取せずに短鎖脂肪酸分析と腸内細菌叢解析を同時に解析できる「メタボロキーパー®（糞便）採取キット」をご用意しています。このキットを用いれば、糞便検体を室温で保管でき、短鎖脂肪酸分析と腸内細菌叢解析の一括委託が可能です。冷蔵／冷凍の必要がありませんので、被験者にとっての採取・提出の負担も軽減されます。

糞便中有機酸（短鎖脂肪酸）分析

LC (pH 緩衝化ポストカラム電気伝導度検出法 )により、糞便中有機酸（短鎖脂肪酸）を定量分析します。

■ 特長

糞便検体をご送付いただければ、前処理を含め当社で対応
多くの学術論文で引用実績あり
公的研究機関から民間企業まで、幅広い利用実績あり

■ 分析項目

分析項目	定量下限値	分析必要量
酢酸、プロピオン酸、コハク酸、乳酸	0.05 mg/g	ヒトの場合200 mg マウス、ラットの場合60 mg
iso-酪酸、iso-吉草酸、n-酪酸、n-吉草酸、ギ酸	0.1 mg/g	ヒトの場合200 mg マウス、ラットの場合60 mg

■ 価格・納期

検体数	単価	納期
1～3検体	30,000円	17営業日～
4～6検体	19,000円
7～29検体	14,000円
30検体以上	8,000円	お問い合わせ下さい

腸内細菌叢解析｜アンプリコンシーケンス解析

糞便中の菌叢（細菌、アーキア、カビ・酵母）を解析します。

■ 特長

DNA 抽出からデータ解析まで当社内で作業
界～種レベルで解析
多くの学術論文で引用実績あり
大学医学部や食品会社の研究部門など、多様な分野で利用実績豊富
「当社標準プロトコル」と「JMBC推奨プロトコル」の2種類のプロトコルから選択可能　※JMBCはヒト糞便検体を対象

■ 仕様

対象微生物		細菌・アーキア	カビ・酵母
解析対象		DNA	DNA
遺伝子領域		【細菌／アーキア】16S rDNAのV3-V4領域　【細菌】16S rDNAのV1-V2領域、V3-V4領域　【アーキア】16S rDNAのV3-V4領域	ITS2 領域
リード数		3万リード以上 / 検体
解析機種		MiSeq i100シリーズ
データ解析	Metagenome@KIN	RDP、当社「微生物同定データベース」	RDP
	QIIME2	Greengenes database、SILVA database	UNITE

■ 解析項目

標準：リードの同定、バーチャートの作成、シーケンス生データ
オプション：QIIME2によるα・β多様性解析、統計分析ソフトRによるデータ解析、PICRUSt2による予測メタゲノム解析など。
詳細は[こちら]をご覧ください。

■ 価格・納期

依頼形態	単価（税抜）	目安納期
検体にてご依頼の場合	15,000円／検体	20 営業日～
DNA抽出物にてご依頼の場合	12,000円／検体	18 営業日～
fastqファイル納品の場合	14,500円／検体	20 営業日～
DNA抽出物にてご依頼、fastqファイル納品の場合	11,500円／検体	18 営業日～

※JMBC推奨プロトコルによるアンプリコンシーケンス解析は、価格・納期が異なります。詳細は[こちら]をご覧ください。

アンプリコンシーケンス解析で得られる結果は、検体中に存在する微生物の相対的な存在比です。
特定の微生物の存在量を定量的に把握する場合にが、リアルタイムPCRが有効です。

リアルタイムPCRをご検討の方は当社試験項目［生体リアルタイムPCR解析 (定量)］をご覧ください。

メタボロキーパー®（糞便）採取キット

■ 特長

糞便検体を凍結することなく、室温（1～30℃）で1ヶ月保管可能
糞便中の有機酸（短鎖脂肪酸）と腸内細菌叢を維持
学術論文により、「メタボロキーパー®（糞便）採取キット」の有効性が報告されています。
A newly developed solution for the preservation of short-chain fatty acids, bile acids, and microbiota in fecal specimens. Journal of Clinical Biochemistry and Nutrition, 2023;72:263. 論文は[こちら]から

型番：FS‐0015
内容物：「メタボロキーパー®」1本、楽流カップWIDE1枚、取扱説明書1式

■ 対応可能な試験項目

糞便中有機酸（短鎖脂肪酸）分析、アンプリコンシーケンス解析、リアルタイムPCR解析、T-RFLP フローラ解析 (MN-2 法 )
※「メタボロキーパー®（糞便）採取キット」を用いたリアルタイムPCR解析をご依頼いただく場合、糞便中有機酸（短鎖脂肪酸）分析の同時依頼が必要です

■ 価格・納期

価格：32,000円／10キット。
納期：10 営業日（北海道、青森県、秋田県、沖縄県、九州などは 11 営業日）

■ 採取方法

■ 使用方法動画

必要な検体量・送付方法

分析項目	分析必要量	使用容器	目安	参考情報	送付方法
糞便中有機酸（短鎖脂肪酸）分析	〈ヒトの場合〉200 mg 〈マウス、ラットの場合〉100 mg	スクリューキャップチューブ（2 mL）	ヒトの糞便：グリーンピース2～3粒	分析必要量の1.5倍以上目安200 mgの場合には0.3 mL以上を目安に分取	採取後速やかに冷凍保管、冷凍輸送
糞便中有機酸（短鎖脂肪酸）分析	〈ヒトの場合〉200 mg 〈マウス、ラットの場合〉100 mg	メタボロキーパー®（糞便）採取キット	キット付属のすり切り棒でスプーンすり切り1杯		採取後室温保管、室温輸送（冷蔵推奨）
腸内細菌叢解析	0.2～0.5 g	スクリューキャップチューブ（2 mL）	ヒトの糞便：グリーンピース2～3粒	分析必要量の1.5倍以上目安200 mgの場合には0.3 mL以上を目安に分取	採取後速やかに冷凍保管、冷凍輸送
		メタボロキーパー®（糞便）採取キット	キット付属のすり切り棒でスプーンすり切り1杯		採取後室温保管、室温輸送（冷蔵推奨）
		当社糞便採取キット（ブラシ型）	ブラシ全体		採取後室温保管、室温輸送（冷蔵推奨）

ご不明な点がございましたら、お気軽にお問い合わせください。

受入可能な検体

ヒト糞便 ※マウス、ラット、ブタ、ウシ、ウマ、ニワトリ、イヌ、ネコ等の糞便も対応可能です。詳細はお気軽にお問い合わせください。

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お問い合わせフォーム

ご質問・ご要望などがありましたら、お気軽にお問い合わせください。お問い合わせいただいた後、担当者よりご連絡いたします。

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リアルタイムPCR用プライマーリスト一覧

tslseeqadmin — Tue, 07 Nov 2023 05:09:00 +0000

リアルタイムPCR用プライマーリスト一覧

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掲載以外の特定分類群や特定機能遺伝子 (ターゲット) はお問い合わせ下さい。
表中の16Sおよび23Sの表記は、16S rRNA遺伝子 (16S rDNA) および23S rRNA遺伝子 (23S rDNA) を意味します。
表中の備考にKit (Cat.〇〇〇) と記載されている分類群は、当社で販売しているリアルタイムPCR用定量キットを使用し解析を行います。
リアルタイムPCR用定量キットに使用するプライマー配列は開示していません。

全菌数

対象菌種（分類群）	遺伝子	備考
全真正細菌	16S	検体中に含まれる全真正細菌
全アーキア	16S	検体中に含まれる全アーキア
カビ・酵母 ITS	ITS領域	検体中に含まれるカビ・酵母

腸内アーキア

対象菌種 ( 分類群 )	遺伝子	備考
Methanobacteriaceae 科	-	ヒト腸内アーキアであるMethanobacteriaceae 科 (Methanobrevibacter およびMethanosphaera)
Methanobacteriaceae 科	-	Methanobacteriaceae Detection Kit (Cat. No. RM-0001) 使用

腸内細菌

対象菌種 ( 分類群 )	遺伝子	備考
Akkermansia muciniphila	16S	腸管内のムチン分解菌であるA. muciniphila
Anaerostipes 属	-	ヒト腸管内の優勢菌種であるAnaerostipes 属
Anaerostipes 属	-	Anaerostipes Detection Kit (Cat. No. RI-0017) 使用
Bacillota 門 (Firmicutes 門)	16S	ヒト・動物腸管内の優勢菌であるBacillota 門(Firmicutes 門)
Bacteroidetota 門 ( Bacterioidetes 門)	16S	ヒト・動物腸管内の優勢菌であるBacteroidetota 門( Bacterioidetes 門)
Bacteroidales 目	16S	ヒト・動物腸管内の優勢菌であるBacteroidales 目 (Bacteroides /Phocaericola /Prevotella /Porphyromonas 属など )
Bacteroides 属	-	ヒト・動物腸管内の優勢菌である旧Bacteroides 属 (Bacteroides 属および Phocaeicola 属)
Bacteroides 属	-	Bacteroides Detection Kit (Cat. No. RI-0011) 使用
Bacteroides fragilis	-	ヒト・動物腸管内および口腔内B. fragilis
Bacteroides fragilis	-	Bacteroides fragilis Detection Kit (Cat. No. RO-0003) 使用
Bifidobacterium 属	16S	ヒト腸管内の優勢乳酸菌であるBifidobacterium 属
Bifidobacterium bifidum	16S	ヒト小児腸管内の優勢菌であるB. bifidum
Bifidobacterium breve	16S	ヒト小児腸管内の優勢菌であるB. breve
Bifidobacterium longum	16S	食品中あるいは腸管内のB. longum
Bifidobacterium longum subsp. longum	tuf	食品中あるいは腸管内のB. longum subsp. longum
Bifidobacterium pseudocatenulatum	groEL	腸管内のB. pseudocatenulatum
Bilophila wadsworthia	-	胆汁により発育が促進され, β-ラクタム薬に高度耐性をもつB. wadsworthia
Bilophila wadsworthia	-	Bilophila wadsworthia Detection Kit (Cat. No. RI-0009) 使用
Blautia 属	-	ヒト腸管内の最優勢菌種であるBlautia 属
Blautia 属	-	Blautia Detection Kit (Cat. No. RI-0008) 使用
Campylobacter 属	-	臨床細菌学的に重要な、ヒト・動物腸管内および口腔内Campylobacter 属
Campylobacter 属	-	Campylobacter Detection Kit (Cat. No. RO-0006) 使用
Candidate Division TM7	16S	炎症性腸疾患との関わりが注目されている Candidate Division TM7
Cetobacterium 属	-	ヒト腸管内Fusobacteria 門細菌であるCetobacterium 属
Cetobacterium 属	-	Cetobacterium Detection Kit (Cat. No. RI-0016) 使用
Christensenella minuta	-	痩せ型のヒトに多いとされるC. minuta
Christensenella minuta	-	Christensenella minuta Detection Kit (Cat. No. RI-0015) 使用
Clostridium cluster I & II	16S	ヒト・動物腸管内の優勢菌種であり狭義のClostridium 属菌である Clostridium cluster I および II
Clostridium cluster IV	-	ヒト・動物腸管内の優勢菌種であるClostridium cluster IV
Clostridium cluster IV	-	Clostridium cluster IV Detection Kit (Cat. No. RI-0001) 使用
Clostridium cluster XI	16S	ヒト・動物腸管内の優勢菌種であるClostridium cluster XI
Clostridium cluster XIV	16S	ヒト・動物腸管内の優勢菌種であるClostridium cluster XIV
Clostridium cluster XV	-	ヒト・動物腸管内のClostridium cluster XV
Clostridium cluster XV	-	Clostridium cluster XV Detection Kit (Cat. No. RI-0002) 使用
Clostridium cluster XVI ～ XVIII	-	ヒト・動物腸管内のClostridium cluster XVI、 XVII および XVIII
Clostridium cluster XVI ～ XVIII	-	Clostridium cluster XVI ・ XVII ・ XVIII Detection Kit (Cat. No. RI-0006) 使用
Clostridium cluster XVIII	-	ヒト・動物腸管内のClostridium cluster XVIII
Clostridium cluster XVIII	-	Clostridium cluster XVIII Detection Kit (Cat. No. RI-0003) 使用
Clostridium perfringens ( ウェルシュ菌 )	16S	日和見感染菌であるC. perfringens ( ウェルシュ菌 )
Clostridium butyricum	-	酪酸を生成する偏性嫌気性芽胞形成グラム陽性桿菌
Clostridium butyricum	-	Clostridium butyricum Detection Kit (Cat. No. RI-0004) 使用
Clostridium leptum	-	ヒト・動物腸管内のC. leptum
Clostridium leptum	-	Clostridium leptum Detection Kit (Cat. No. RI-0007) 使用
Peptacetobacter hiranonis および Clostridium scindens	baiCD	7 α -dehydroxylase 活性を有するP. hiranonis およびC. scindens
Clostridium hylemonae およびC. scindens	baiJ	7 α -dehydroxylase 活性を有するC. hylemonae およびC. scindens
Clostridioides difficile	16S	偽膜性腸炎、抗菌薬関連下痢症に関与するC. difficile
Coriobacteriaceae 科	16S	ヒト腸内細菌の優勢菌であるCoriobacteriaceae 科 (Atopobium /Collinsella /Eggerthella 属 )
Eggerthella 属	-	ヒト腸管内のEggerthella 属
Eggerthella 属	-	Eggerthella Detection Kit (Cat. No. RI-0021) 使用
Enterobacteriaceae 科	16S	ヒト・動物腸管内常在菌である腸内細菌科 (E.coli , Shigella etc.)
Enterococcus 属	16S	ヒト・動物腸管内および環境中のEnterococcus 属
Enterococcus faecalis	-	食品中あるいは環境中のE. faecalis
Enterococcus faecalis	-	Enterococcus faecalis Detection Kit (Cat. No. RF-0003) 使用
Enterococcus faecium	recA	ヒト・動物腸管内および環境中のE. faecium
Escherichia coli／Shigella 属	16S	ヒト・動物腸管内および環境中の大腸菌 (E.coli およびShigella 属)
Faecalibacterium prausnitzii	16S	ヒト腸管内の優勢菌種であるF. prausnitzii およびその近縁菌種
Fusicatenibacter saccharivorans	-	ヒト腸管内の優勢菌種であるF. saccharivorans
Fusicatenibacter saccharivorans	-	Fusicatenibacter saccharivorans Detection Kit (Cat. No. RI-0020) 使用
Fusobacteriota 門（Fusobacteria 門）	16S	臨床細菌学的に重要なヒト・動物腸管内および口腔内 Fusobacteriota 門（Fusobacteria 門）
Fusobacterium 属	-	臨床細菌学的に重要な、ヒト・動物腸管内および口腔内Fusobacterium 属
Fusobacterium 属	-	Fusobacterium Detection Kit (Cat. No. RO-0005) 使用
Fusobacterium varium	-	ヒト・動物腸管内のF. varium
Fusobacterium varium	-	Fusobacterium varium Detection Kit (Cat. No. RI-0005) 使用
Fusobacterium nucleatum	16S	臨床細菌学的に重要なF. nucleatum
Helicobacter 属	16S	ヒト胃腸間内の常在菌であるHelicobacter 属
Klebsiella pneumoniae	-	ヒト・動物腸管内および口腔内 K. pneumoniae
Klebsiella pneumoniae	-	Klebsiella pneumoniae Detection Kit (Cat. No. RI-0014) 使用
Lacticaseibacillus casei ( Lactobacillus casei )	16S	ヒト・動物腸管内のL . casei
Lacticaseibacillus casei ( Lactobacillus casei ) group	16S	ヒト・動物腸管内のL . casei, L. paracasei, L. rhamnosus およびL . zeae
Lactobacillus 属	16S	ヒト・動物腸管内の旧名Lactobacillus /Pediococcus /Weissella 属
Lactobacillus gasseri	-	ヒト・動物腸管内のL . gasseri
Lactobacillus gasseri	-	Lactobacillus gasseri Detection Kit (Cat. No. RI-0010) 使用
Limosilactobacillus fermentum ( Lactobacillus fermentum )	16S	ヒト・動物腸管内のL . fermentum
Limosilactobacillus mucosae (Lactobacillus mucosae )	-	ヒト・動物腸管内のL . mucosae
Limosilactobacillus mucosae (Lactobacillus mucosae )	-	Limosilactobacillus mucosae Detection Kit (Cat. No. RI-0019) 使用
Lancefieldella parvula （Atopobium parvulum ）	16S	大腸がんとの関連が疑われているL. parvula （A. parvulum ）
Lancefieldella parvula （Atopobium parvulum ）	16S	大腸がんとの関連が疑われているL. parvula （A. parvulum ）
Peptostreptococcus stomatis	-	大腸がん病巣から高頻度に検出されるP. stomatis
Peptostreptococcus stomatis	-	Peptostreptococcus stomatis Detection Kit (Cat. No. RI-0018) 使用
Parabacteroides 属	-	ヒト・動物腸管内の優勢菌であるParabacteroides 属
Parabacteroides 属	-	Parabacteroides Detection Kit (Cat. No. RI-0013) 使用
Prevotella 属	-	ヒト・動物腸管内および口腔内Prevotella 属
Prevotella 属	-	Prevotella Detection Kit (Cat. No. RO-0004) 使用
Proteus 属	16S	ヒト・動物腸管内および環境中のProteus 属
Proteus mirabilis	ureA	尿路感染症に関連するP. mirabilis
Pseudomonas 属	16S	ヒト・動物腸管内および環境中のPseudomonas 属
Pseudomonas aeruginosa	gyrB	ヒト・動物腸管内および環境中に存在し、緑膿菌感染症の原因となるP. aeruginosa
Roseburia／Agathobacter rectalis group	16S	ヒト・動物腸管内の Roseburia/Agathobacter rectalis group
Roseburia 属	16S	ヒト腸管内の酪酸産生菌であるRoseburia 属 (R. inulinivorans 除く )
Salmonella 属	invA	ヒトや動物の消化管に生息し、一部がヒトや動物に感染して病原性を示す Salmonella 属
Staphylococcus 属	16S	ヒト・動物腸管内および環境中のStaphylococcus 属
Staphylococcus aureus	-	臨床細菌学的に重要な、ヒト・動物腸管内および口腔内S. aureus
Staphylococcus aureus	-	Staphylococcus aureus Detection Kit (Cat. No. RO-0009) 使用
Streptococcus 属	-	ヒト・動物腸管内・口腔内のStreptococcus 属
Streptococcus 属	-	Streptococcus Detection Kit (Cat. No. RO-0001) 使用
Streptococcus bovis	16S	ルーメン細菌であるS. bovis (S. equinus)
Sutterella 属	-	胆汁耐性菌でAutism-associated bacteria として議論されているSutterella 属
Sutterella 属	-	Sutterella Detection Kit (Cat. No. RI-0012) 使用
Thomasclavelia ramosa (Clostridium ramosum)	-	ヒト・動物腸管内の T. ramosa
Thomasclavelia ramosa (Clostridium ramosum)	-	Thomasclavelia ramosa Detection Kit (Cat. No. RI-0022) 使用
Veillonella 属	-	ヒト・動物腸管内および口腔内常在菌であるVeillonella 属
Veillonella 属	-	Veillonella Detection Kit (Cat. No. RO-0007) 使用
Verrucomicrobiota 門（Verrucomicrobia 門）	-	ヒト・動物腸管内の Verrucomicrobiota 門（Verrucomicrobia 門）

口腔内細菌

対象菌種 ( 分類群 )	遺伝子	備考
Actinomyces 属	-	ヒト・動物腸管内および口腔内常在菌であるActinomyces 属
		Actinomyces Detection Kit (Cat. No. RO-0008) 使用
Aggregatibacter actinomycetemcomitans	-	歯周病の原因菌として注目されているA. actinomycetemcomitans
		Aggregatibacter actinomycetemcomitans Detection Kit (Cat. No. RO-0011) 使用
Bacteroides fragilis	-	ヒト・動物腸管内および口腔内B. fragilis
		Bacteroides fragilis Detection Kit (Cat. No. RO-0003) 使用
Campylobacter 属	-	臨床細菌学的に重要な、ヒト・動物腸管内および口腔内Campylobacter 属
		Campylobacter Detection Kit (Cat. No. RO-0006) 使用
Candidate Division TM7	16S	歯周炎との関わりが注目されている Candidate Division TM7
Fusobacterium 属	-	臨床細菌学的に重要な、ヒト・動物腸管内および口腔内Fusobacterium 属
		Fusobacterium Detection Kit (Cat. No. RO-0005) 使用
Fusobacterium nucleatum	16S	歯周病の原因菌として注目されているF. nucleatum
Leptotrichia 属	-	口腔内常在菌であるLeptotrichia 属
		Leptotrichia Detection Kit (Cat. No. RO-0012) 使用
Prevotella 属	-	ヒト・動物腸管内および口腔内Prevotella 属
		Prevotella Detection Kit (Cat. No. RO-0004) 使用)
Prevotella intermedia	16S	ヒト口腔内常在菌であるP. intermedia
Porphyromonas gingivalis	-	ヒトの歯肉溝に生息し、歯周病の原因菌として注目されているP. gingivalis
		Porphyromonas gingivalis Detection Kit (Cat. No. RO-0010) 使用
Streptococcus 属	-	ヒト・動物腸管内・口腔内のStreptococcus 属
		Streptococcus Detection Kit (Cat. No. RO-0001) 使用
Streptococcus mutans	-	う蝕に関与するS. mutans
		Streptococcus mutans Detection Kit (Cat. No. RO-0002) 使用
Streptococcus intermedius	-	ヒト口腔内常在菌であるS. intermedius
		Streptococcus intermedius Detection Kit (Cat. No. RO-0015) 使用
Streptococcus oralis	gtfR	ヒト口腔内常在菌であるS. oralis
Staphylococcus aureus	-	臨床細菌学的に重要な、ヒト・動物腸管内および口腔内S. aureus
		Staphylococcus aureus Detection Kit (Cat. No. RO-0009) 使用
Treponema denticola	-	歯周病の原因菌として注目されているT. denticola
		Treponema denticola Detection Kit (Cat. No. RO-0013) 使用
Tannerella forsythia	-	歯周病の原因菌として注目されているT. forsythia
		Tannerella forsythia Detection Kit (Cat. No. RO-0014) 使用
Veillonella 属	-	ヒト・動物腸管内および口腔内常在菌であるVeillonella 属
		Veillonella Detection Kit (Cat. No. RO-0007) 使用

皮膚常在菌

対象菌種 ( 分類群 )	遺伝子	備考
Acinetobacter 属	16S	ヒト腸内・皮膚の常在菌であるAcinetobacter 属
Cutibacterium acnes	grpE	皮膚の常在菌であるC. acnes
Staphylococcus aureus	-	臨床細菌学的に重要な、ヒト・動物腸管内および口腔S. aureus
Staphylococcus aureus	-	Staphylococcus aureus Detection Kit （Cat. No. RO-009）使用
Staphylococcus epidermidis	gmk	表皮ブドウ球菌であるS. epidermidis
Staphylococcus warneri	sodA	皮膚の常在菌であるS. warneri

膣内菌

対象菌種（分類群）	遺伝子	備考
Gardnerella vaginalis	-	細菌性膣症の原因菌として知られているG. vaginalis
Gardnerella vaginalis	-	Gardnerella vaginalis Detection Kit (Cat. No. RV-0001) 使用

環境水（海水・地下水など）

対象菌種（分類群）	遺伝子	備考
Aeromonas 属	-	河川水、泥土、魚や貝類から分離され、下痢症と関連するAeromonas 属
Aeromonas 属	-	Aeromonas Detection Kit (Cat. No. RE-0001) 使用
Legionella 属	-	水系、土壌など広く自然界に分布するLegionella 属
Legionella 属	-	Legionella Detection Kit (Cat. No. RE-0005) 使用
Legionella pneumophila	mip	水系、土壌など広く自然界に分布し、レジオネラ肺炎の原因菌であるL. pneumophila
Listeria 属	prsA	食品中あるいは環境中のListeria 属
Listeria monocytogenes	hlyA	食品中あるいは環境中のL. monocytogenes
Serratia marcescens	gyrB	水、土壌、牛乳などから腐生菌として検出されるS. marcescens
Vibrio 属	ftsZ	自然界では海水などの水中に多く存在する環境中の常在細菌であるVibrio 属
Vibrio vulnificus	vvh	海水や海泥、そこに生息する魚介類に広く分布し、感染性胃腸炎や重篤な敗血症の原因になるV. vulnificus
Vibrio parahaemolyticus	tlh	海水に広く存在し、食中毒の原因菌である腸炎ビブリオV.parahaemolyticus

食品

対象菌種 ( 分類群 )	遺伝子	備考
Alicyclobacillus 属	-	耐熱性好酸性菌であるAlicyclobacillus 属
Alicyclobacillus 属	-	Alicyclobacillus Detection Kit (Cat. No. RF-0002) 使用
Bacillus subtilis	-	食品中あるいは環境中のB. subtilis
Bacillus subtilis	-	Bacillus subtilis Detection Kit (Cat. No. RF-0009) 使用
Bifidobacterium animalis subsp. lactis	16S-23S	食品中あるいは環境中のB. animalis subsp. lactis
Bifidobacterium longum	16S	食品中あるいは環境中のB. longum
Enterococcus faecalis	-	食品中あるいは環境中のE. faecalis
Enterococcus faecalis	-	Enterococcus faecalis Detection Kit (Cat. No. RF-0003) 使用
Lacticaseibacillus rhamnosus (Lactobacillus rhamnosus )	16S	食品中あるいは環境中のL . rhamnosus
Lactiplantibacillus paraplantarum (Lactobacillus paraplantarum )	-	食品中のL . paraplantarum
	-	Lactiplantibacillus paraplantarum Detection Kit (Cat. No. RF-0008) 使用
Lactiplantibacillus plantarum (Lactobacillus plantarum )	recA	食品中あるいは環境中のL . plantarum
Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus	-	食品中のL . delbrueckii subsp. bulgaricus
Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus	-	Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus Detection Kit (Cat. No. RF-0005) 使用
Lactobacillus helveticus	-	食品中のL . helveticus
Lactobacillus helveticus	-	Lactobacillus helveticus Detection Kit (Cat. No. RF-0007) 使用
Lactococcus lactis	-	食品中あるいは環境中のL . lactis
Lactococcus lactis	-	Lactococcus lactis Detection Kit (Cat. No. RF-0010) 使用
Lactococcus cremoris	-	食品中あるいは環境中のL . cremoris
Lactococcus cremoris	-	Lactococcus cremoris Detection Kit (Cat. No. RF-0011) 使用
Leuconostoc mesenteroides	-	食品中あるいは環境中のL. mesenteroides
Leuconostoc mesenteroides	-	Leuconostoc mesenteroides Detection Kit (Cat. No. RF-0012) 使用
Levilactobacillus brevis (Lactobacillus brevis )	-	食品中のL . brevis
Levilactobacillus brevis (Lactobacillus brevis )	-	Levilactobacillus brevis Detection Kit (Cat. No. RF-0006) 使用
Listeria 属	prsA	食品中あるいは環境中のListeria属
Listeria monocytogenes	hlyA	食品中あるいは環境中のL. monocytogenes
Pediococcus pentosaceus	recA	食品中あるいは環境中のP. pentosaceus
Saccharomyces cerevisiae	nmd3	食品中あるいは環境中のS. cerevisiae
Streptococcus thermophilus	-	食品中のS. thermophilus
Streptococcus thermophilus	-	Streptococcus thermophilus Detection Kit (Cat. No. RF-0004) 使用
Tetragenococcus halophilus	16S	食品中あるいは環境中のT. halophilus
Weizmannia coagulans ( Bacillus coagulans )	16S	食品中あるいは環境中のW. coagulans
芽胞菌	spo0A	食品中あるいは環境中の芽胞菌 (Bacillus属 /Geobacillus属 /Anoxybacillus属 etc)
酢酸菌	-	酢酸菌であるAcetobacter /Acidomonas /Gluconacetobacter/ Gluconobacter /Kozakia/Tanticharoenia 属
酢酸菌	-	Acetic acid bacteria Detection Kit (Cat. No. RF-0001) 使用

環境アーキア

対象菌種 ( 分類群 )	遺伝子	備考
メタン菌	mcrA	メタン生成菌が有するメタン酵素遺伝子 (mcrA)
Methanothrix 属	16S	メタン発酵漕内の優占菌種であるMethanothrix 属
Methanosarcina 属	16S	メタン発酵漕内の優占菌種であるMethanosarcina 属
Methanoculleus 属	16S	メタン発酵漕内の優占菌種であるMethanoculleus 属
Methanobacteriaceae 科	-	ヒト腸内アーキアであるMethanobacteriaceae 科（Methanobrevibacter 属およびMethanosphaera 属）
Methanobacteriaceae 科	-	Methanobacteriaceae Detection Kit (Cat. No. RM-0001) 使用
Methanolobus 属	16S	メタン菌であるMethanolobus 属
Methanospirillum 属	-	メタン菌であるMethanospirillum 属
Methanospirillum 属	-	Methanospirillum Detection Kit (Cat. No. RM-0002) 使用
Methanomethylovorans 属	-	メタン菌であるMethanomethylovorans 属
Methanomethylovorans 属	-	Methanomethylovorans Detection Kit (Cat. No. RM-0003) 使用

バイオ浄化

対象菌種（分類群）	遺伝子	備考
Dehalobacter 属	16S	検体中に含まれるDehalobacter 属
Dehalococcoides 属	16S	検体中に含まれるDehalococcoides 属
Dehalococcoides 属	bvcA	DCEs あるいは VC からエチレンへの分解酵素遺伝子であるbvcA遺伝子
Dehalococcoides 属	vcrA	DCEs あるいは VC からエチレンへの分解酵素遺伝子であるvcrA遺伝子
Dehalococcoides 属	tceA	TCE から塩化ビニル VC への分解酵素遺伝子であるtceA遺伝子

バイオリーチング

対象菌種（分類群）	遺伝子	備考
Acidithiobacillus thiooxidans	16S	硫黄酸化に関係する A. thiooxidans
Sulfobacillus 属	16S	バイオリーチングで使用されるSulfobacillus 属

微生物腐食

対象菌種 ( 分類群 )	遺伝子	備考
硫酸還元菌	dsrB	金属の微生物腐食に関与する硫酸塩還元菌が有する硫酸塩還元酵素遺伝子 (dsrB)
鉄細菌 (Leptothrix 属およびSphaerotilus 属)	-	金属の微生物腐食に関与する鉄細菌である Leptothrix 属およびSphaerotilus 属
鉄細菌 (Leptothrix 属およびSphaerotilus 属)	-	Leptothrix/Sphaerotilus Detection Kit (Cat. No. RE-0002) 使用
鉄細菌 (Gallionella 属およびSideroxydans 属)	-	金属の微生物腐食に関与する鉄細菌である Gallionella 属およびSideroxydans 属
鉄細菌 (Gallionella 属およびSideroxydans 属)	-	Gallionella/Sideroxydans Detection Kit (Cat. No. RE-0003) 使用
鉄細菌 (Prolixibacter 属)	-	金属の微生物腐食に関与する鉄細菌であるProlixibacter 属
鉄細菌 (Prolixibacter 属)	-	Prolixbacter Detection Kit (Cat. No. RE-0006) 使用
鉄酸化細菌 (Leptospirillum 属)	gyrB	金属の微生物腐食に関与する鉄酸化細菌であるLeptospirillum 属
硫黄酸化細菌	soxB	金属の微生物腐食に関与する硫黄酸化細菌が有する硫黄酸化酵素遺伝子 (soxB)
硫黄酸化細菌 (Acidithiobacillus 属)	16S	soxB遺伝子を有しない硫黄酸化細菌であるAcidithiobacillus 属
メタン菌	mcrA	金属の微生物腐食に関与するメタン生成菌が有するメタン酵素遺伝子 (mcrA)

窒素循環 (硝化/脱窒)

対象菌種 ( 分類群 )	遺伝子	備考
アンモニア酸化細菌	amoA	アンモニア酸化細菌が有するアンモニア酸化酵素遺伝子 (amoA)
アンモニア酸化アーキア	arch-amoA	アンモニア酸化アーキアが有するアンモニア酸化酵素遺伝子 (arch-amoA)
Anammox 細菌	hzo	汚水処理の分野で注目されている嫌気的アンモニア酸化 (Anammox) 反応を担うAnammox細菌
亜硝酸還元菌	nirS	亜硝酸還元菌が有する亜硝酸還元酵素遺伝子 (nirS)
亜硝酸還元菌	nirK	亜硝酸還元菌が有する亜硝酸還元酵素遺伝子 (nirK)
窒素固定細菌	nifH	窒素固定細菌が有する窒素固定に関連するニトロゲナーゼ遺伝子 (nifH)
亜酸化窒素還元菌	nosZ	亜酸化窒素還元菌が有する亜酸化窒素還元酵素遺伝子 (nosZ)
亜硝酸酸化細菌 (Nitrobacter 属)	16S	亜硝酸酸化細菌であるNitrobacter 属
亜硝酸酸化細菌 (Nitrobacter 属)	norB	亜硝酸酸化細菌であるNitrobacter属が有する亜硝酸酸化還元酵素遺伝子 (norB)
亜硝酸酸化細菌 (Nitrospira 属)	16S	亜硝酸酸化細菌であるNitrospira 属
Comammox Nitrospira clade A	amoA	完全アンモニア酸化と考えられていNitrospira 菌
Comammox Nitrospira clade B	amoA	完全アンモニア酸化と考えられているNitrospira 菌
Pseudomonas aeruginosa	gyrB	窒素循環において重要な役割を担うP. aeruginosa

その他

対象菌種（分類群）	遺伝子	備考
メタン酸化細菌	pmoA	メタン酸化細菌が有するメタンモノオキシゲナーゼ遺伝子 (pmoA)
水素産生菌	hydA	検体中に含まれる水素産生菌
Candidate Division TM7	16S	活性汚泥、環境水などに存在するCandidate Division TM7
Thiothrix 属	-	活性汚泥中の糸状性細菌であるThiothrix 属
Thiothrix 属	-	Thiothrix Detection Kit (Cat. No. RE-0004) 使用
Alphaproteobacteria 綱	16S	検体中に含まれるAlphaproteobacteria 綱

生体リアルタイムPCR解析 (定量)　の詳細はこちらから

環境リアルタイムPCR解析 (定量)　の詳細はこちらから

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植物由来配列のPCR増幅を抑制したアンプリコンシーケンス解析

tslseeqadmin — Thu, 26 Oct 2023 09:35:01 +0000

植物由来配列のPCR増幅を抑制したアンプリコンシーケンス解析

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技術情報_群集構造解析

植物性食品中 (発酵食品) の細菌叢解析は精力的に進められています。
しかし、ユニバーサルプライマーの配列 (341f – R806 16S V3-V4領域)^1）、2）ではStreptophytaの配列を増幅してしまい、本来の細菌叢を反映できないことが確認されています。

ユニバーサルプライマーの配列では
Streptophyta の配列を増幅してしまいます。

植物性食品中 (発酵食品) の細菌叢解析で16S rRNA遺伝子を標的とした遺伝子解析を実施する際、データベースに植物由来の配列 ( Streptophyta ) が登録されている場合、ユニバーサルプライマーの配列 (341f – R806 16S V3-V4領域)^1）、2）では Streptophyta の配列を増幅してしまい、本来の細菌叢を反映できないことが確認されています。

16S rDNA V5-V7領域を
標的としたプライマーを用意しました。

16S rDNAV5-V7領域を用いることで、 Streptophyta の配列の増幅を抑えられることを確認しております (図1)。 RDP (Ribosomal database project) およびGreengenes databaseで効果があることを確認しました。

植物由来の配列を完全に除去することはできません。

植物を含む菌叢解析において、植物由来の配列が増幅してしまう問題を大幅に解消していますが、植物由来の配列を完全に除去できない点は注意が必要です。また、16S rDNA V3-V4領域の解析結果とは単純な比較ができなくなる点も注意が必要です。

(1)
Muyzer G, de Waal, EC. Uitterlinden, AG. Profiling of complex microbial populations by denaturing gradient gel electrophoresis analysis of polymerase chain reaction-amplified genes coding for 16S rRNA. Appl Environ Microbiol 1993;59:695–700.
(2)
Caporaso JG, Lauber CL, Walters WA, Berg-Lyons D, Lozupone CA et al. Global patterns of 16S rRNA diversity at a depth of millions of sequences per sample. Proc Natl Acad Sci U S A 2011;108:4516–4522.
(3)
Chelius MK, Triplett EW. The Diversity of Archaea and Bacteria in Association with the Roots of Zea mays L. Microb Ecol. 2001 Apr;41(3):252-263.
(4)
Bodenhausen N, Horton MW, Bergelson J. Bacterial communities associated with the leaves and the roots of Arabidopsis thaliana. PLoS One. 2013;8(2):e56329.

試験に関するお問い合わせ

株式会社テクノスルガ・ラボ　営業部 E-mail：tsl-contact@tecsrg.co.jp 電話番号：054-349-6211（代表）〈受付時間〉9：00～17：00（土日祝除く）お問い合わせフォームはこちらから

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アクネ菌( Cutibacterium acnes )の検出を高めた皮膚菌叢解析

tslseeqadmin — Thu, 26 Oct 2023 09:35:00 +0000

アクネ菌( Cutibacterium acnes )の検出を高めた皮膚菌叢解析

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技術情報_群集構造解析

ヒト皮膚常在菌の菌叢解析は、腸内や口腔と同様に健康や病気と微生物の関係を解明するために精力的に進められています。

C . acnes は検出されにくいことが確認されています。

皮膚は外部環境と接しており、外部からの微生物や物理的刺激から体を守っています。皮膚菌叢は部位ごとに異なるもののCutibacterium (旧名 Propionibacterium ) がほぼ共通して検出されます。アクネ菌 (C . acnessubsp. acnes ) はニキビの原因とされ、健常人にも広く分布しています。しかし、16S rRNA遺伝子を標的とした遺伝子解析を実施する際、ユニバーサルプライマーの配列 (341f–R806)^1,2)でのミスマッチにより、C . acnes が検出されにくくなることが確認されています。

C . acnes の検出を高めたアンプリコンシーケンス
解析用プライマーを用意しました。

C . acnes 検出用に改変プライマー3)を用いることで、従来のプライマー (細菌対象:341f–R806) を用いた結果より、C . acnes の割合が増加することを確認しています (図1)。

完全に理論値と同等にならない点には注意が必要です。

リアルタイムPCR解析において、全真正細菌の16S rRNA遺伝子数に対するC . acnes の遺伝子数の割合がより理論値に近づくことを確認しています (図2) 。

アンプリコンシーケンス解析とリアルタイムPCR解析の C . acnes の割合において齟齬が生じていた問題を大幅に解消しています。なお、皮膚上の細菌数 (DNA量) は少ない故に誤差が大きく、完全に理論値と同等にならない点には注意が必要です。

(1)
Muyzer G, de Waal EC, Uitterlinden AG. Profiling of complex microbial populations by denaturing gradient gelelectrophoresis analysis of polymerase chain reaction-amplified genes coding for 16S rRNA. Appl Environ Microbiol 1993;59:695-700.
(2)
Caporaso JG, Lauber CL, Walters WA, Berg-Lyons D, Lozupone CA, et al . Global patterns of 16S rRNA diversity at adepth of millions of sequences per sample. Proc Natl Acad Sci 2011;108:4516-4522.
(3)
Al-Masaudi S, El Kaoutari A, Drula E, Al-Mehdar H, Redwan EM, et al . A Metagenomics Investigation ofCarbohydrate-Active Enzymes along the Gastrointestinal Tract of Saudi Sheep. Front Microbiol ;8:666.

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アンプリコンシーケンス解析 MiSeqデータ取得方法・解析前処理工程の一部変更のご案内

tslseeqadmin — Thu, 26 Oct 2023 09:34:59 +0000

アンプリコンシーケンス解析 MiSeqデータ取得方法・解析前処理工程の一部変更のご案内

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技術情報_群集構造解析

変更による解析結果への影響はございません。

アンプリコンシーケンス解析で使用しているMiSeq (Illumina, USA) につきまして、イルミナ社より機器搭載OSおよびコントロールソフトウェアのアップグレードが発表されました1)。これに伴い2021年6月7日ご依頼分より、当社アンプリコンシーケンス解析における配列データ (fastq) 取得方法および解析前処理工程が一部変更となります。なお今回の変更による解析結果への影響はございません。

前処理工程 (Cutadapt2) を経て、データ解析します。

イルミナ社のシーケンシングは一塩基伸長反応を繰り返しながら配列決定を行います。これまで当社ではDark cycleという任意の数塩基に対して配列情報を取得せずスキップする方法をプライマー配列部分に適用し、「プライマー配列を予め除去したデータ (fastq)」を取得してきました。MiSeqソフトウェアのアップグレードにより、このDark Cycleが使用できなくなります。今後は「プライマー配列を含むデータ (fastq)」を取得した後、前処理工程 (Cutadapt2)) を経て、データ解析を実施します。

変更前

変更後

(1)
https://jp.support.illumina.com/support-content/windows10.html
(2)
Martin M. Cutadapt removes adapter sequences from high-throughput sequencing reads. EMBnet. journal 2011;17:10-12.

変更前後における解析結果の比較

16S rDNA (細菌・アーキア対象) のアンプリコンプール (検体数 68) に対し上記2通りの方法でデータ取得・前処理を行いRDP MultiClassifier ver.2.11.を用いて相同性解析を実施しました。

属レベルでの多様性を比較し、データ取得方法および解析前処理工程の差異は解析結果に影響しないことを確認しました。

図1. Simpson指数の相関関係

図2. Bray-Curtis距離による統計学的検定

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Metagenome@KINソフトウェアをバージョンアップしました。

tslseeqadmin — Thu, 26 Oct 2023 09:34:30 +0000

Metagenome@KINソフトウェアをバージョンアップしました。

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ソフトウェアをバージョンアップしました。

Metagenome@KINソフトウェアをVer.2.21からVer.2.3に更新したことで、以下の解析可能になりました。

分類階級 (界から種レベル) ごとに
α多様性指数を出力できるようになりました。

Simpson’s Index, Shannon Entropyを出力します。微生物群集の多様性を考察できるようになりました。

ヒートマップ・クラスター分析結果の
仕様が変更されます。

これまでpng形式の画像のみのご報告でしたが、html上で距離行列および系統解析手法がご自身で選択できるようになり、クラスタリングに使用する菌のリード数の下限値も設定できます。また、旧バージョンに比べて、解像度の高い図を出力できるようになりました。

「Rejected_hit (分類群を同定できない) 」が「Unclassified hit」および「Unclassified taxon」に変更されます

【RDP、テクノスルガ・ラボ微生物同定DB共通】
各データベースで表1の条件を満たさなかった配列は「Unclassified hit」として出力されます。

【RDPのみ】
これまで、界～属レベルのいずれかでConfidence threshold >= 0.8を満たさなかった場合、その配列は「Rejected_hit」として出力されていました。一方でソフトウェアのバージョンアップにより、例えば、属レベルでConfidence threshold >= 0.8を満たさなかった場合、界から科レベルまでは帰属分類群名が同定され、属レベルでは「Unclassified taxon」となります。

今後のデータ解析について

機能が追加されたアンプリコンシーケンス解析をぜひご利用ください。すでに「Ver.2.21」で解析済みのデータを「Ver.2.3」で改めて解析することも可能です (再解析費用が発生します) 。「Ver.2.2.1」でのデータ解析も引き続き、ご指定いただくことで承ります。

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糞便中有機酸分析で使用しているシステムについて

tslseeqadmin — Thu, 26 Oct 2023 09:34:29 +0000

糞便中有機酸分析で使用しているシステムについて

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2020年4月に有機酸分析システムを追加導入しました。

同一の糞便検体について従来機と新型機で測定した結果。
新型機は従来機と同等の測定値が得られることがわかりました。

有機酸分析システムについて

糞便中有機酸分析について、多くのお客様にご利用いただいており、さらなる分析速度の向上のために2020年4月に有機酸分析システムを追加導入いたしました (表1)。

同一の糞便検体について従来機と新型機で測定した結果 (図1)、新型機は従来機と同等の測定値が得られることがわかりました。

2020年7月より新規のお客様のご依頼については、新型機での測定結果を納品させていただいています。

表1. 有機酸分析システム1号機 (従来機) と2号機 (新型) の測定条件

島津有機酸分析システム 1号機 (従来機)
・カラム	Shim-pack SCR-102(H), 300 mm × 8 mm ID, 2本直列で使用
・ガードカラム	Shim-pack SCR-102(H), 50 mm × 6 mmID
・オーブン温度	45°C
・電気伝導度検出器	CDD-10A

島津有機酸分析システム 2号機 NEW
・カラム	Shim-pack Fast-OA, 100 mm × 7.8 mm ID, 3本直列で使用
・ガードカラム	Shim-pack Fast-OA, 10 mm × 4.0 mm ID
・オーブン温度	50°C
・電気伝導度検出器	CDD-10Avp

共通
・溶離液	5 mmol/L p-トルエンスルホン酸
・反応液	5 mmol/L p-トルエンスルホン酸, 100 μmol/L EDTA, 20 mmol/L Bis-Tris
・流速	0.8 mL/min

表1. 有機酸分析システム1号機 (従来機) と2号機 (新型) の測定条件

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アンプリコンシーケンス解析用データベースの更新（V16.0→V17.0）

tslseeqadmin — Thu, 26 Oct 2023 09:34:29 +0000

アンプリコンシーケンス解析用データベースの更新（V16.0→V17.0）

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解析用データベースが新しくなりました

アンプリコンシーケンス解析で使用する当社オリジナルデータベースが「NGS-DB-BA16.0」(Ver.16)から最新版「NGS-DB-BA17.0」(Ver.17) へバージョンアップし、2023年1月より順次新しいデータベースを使用して解析結果を報告いたします。

Not Determinedの減少および最新の分類体系を反映

Bacillus subtilis groupやB. cereus groupなど16S rDNA配列のみで分類できない近縁種は、これまでNot determined (1種に推定できない) と出力されていました。Ver.16以降、このような145配列235種を併記またはグループ名 (例：Bacillus subtilis /tequilensis, Bacillus cereus group) で表示することでNot determinedを大幅に減らしており、より精確に群集構造を捉えられるようになっています。

例えば、2020年に報告された口腔内細菌のVeillonella nakazawaeをVeillonella dispar/nakazawaeと並列表記したものを始め、2020年に乳酸菌として知られるLactobacillus plantarumが再編成されLactiplantibacillus plantarumと変更されました。そのためLactiplantibacillus plantarum/ pentosus/ paraplantarum/ fabifermentans/ pingfangensisと並列表記しております。

アンプリコンシーケンス解析

データベースについて

新しい解析データベース「NGS-DB-BA17.0」は、当社微生物同定システム「ENKI®」のDB-BA17.0 (収録数: 3357属、17138種、439亜種) をアンプリコンシーケンス解析用にカスタマイズしたデータベースです。
NGS-DB-BA17.0に収録された細菌・アーキア基準株の16S rDNA塩基配列は、2022年6月までに記載・再分類された分類体系に基づいています。Ver.16から引き続き、一部の帰属分類群におきまして種名の併記またはグループ名(Escherichia coli/Shigella, Bacillus cereus groupなど) で表示しています。

ENKI®の詳細

今後のデータ解析について

最新の分類体系によるアンプリコンシーケンス解析をぜひご利用ください。すでに「NGS-DB-BA 16.0」で解析済みのデータを「NGS-DB-BA 17.0」で改めて解析することも可能です (再解析費用が発生します) 。「DB-BA16.0」でのデータ解析も引き続き、ご指定いただくことで承ります。なお、「DB-BA13.0」での解析はサポート対象外となります。詳しくはお問い合わせください。

試験に関するお問い合わせ

株式会社テクノスルガ・ラボ　営業部

E-mail：tsl-contact@tecsrg.co.jp
電話番号：054-349-6211

投稿アンプリコンシーケンス解析用データベースの更新（V16.0→V17.0）は TechnoSuruga Laboratory Co.,Ltd. に最初に表示されました。

技術情報_群集構造解析 アーカイブ - TechnoSuruga Laboratory Co.,Ltd.

MiSeq®とMiSeq® i100シリーズの比較解析結果（当社実施）

MiSeq®とMiSeq® i100シリーズの比較解析結果（当社実施）

概要

解析結果

配列クオリティーの比較

菌叢構造の比較（種レベル）

β多様性主座標分析（bray-curtis距離）

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特長

ラインナップ

糞便採取フロー

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よくあるご質問

採便前後の使用期限と保存方法

オプション品

価格・納期

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メタボロキーパー®（糞便）採取キット

必要な検体量・送付方法

受入可能な検体

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リアルタイムPCR用プライマーリスト一覧

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全菌数

腸内アーキア

腸内細菌

口腔内細菌

皮膚常在菌

膣内菌

環境水（海水・地下水など）

食品

環境アーキア

バイオ浄化

バイオリーチング

微生物腐食

窒素循環 (硝化/脱窒)

その他

植物由来配列のPCR増幅を抑制したアンプリコンシーケンス解析

植物由来配列のPCR増幅を抑制したアンプリコンシーケンス解析

ユニバーサルプライマーの配列ではStreptophyta の配列を増幅してしまいます。

16S rDNA V5-V7領域を標的としたプライマーを用意しました。

植物由来の配列を完全に除去することはできません。

試験に関するお問い合わせ

アクネ菌( Cutibacterium acnes )の検出を高めた皮膚菌叢解析

アクネ菌( Cutibacterium acnes )の検出を高めた皮膚菌叢解析

C . acnes は検出されにくいことが確認されています。

C . acnes の検出を高めたアンプリコンシーケンス解析用プライマーを用意しました。

完全に理論値と同等にならない点には注意が必要です。

試験に関するお問い合わせ

アンプリコンシーケンス解析 MiSeqデータ取得方法・解析前処理工程の一部変更のご案内

アンプリコンシーケンス解析 MiSeqデータ取得方法・解析前処理工程の一部変更のご案内

変更による解析結果への影響はございません。

前処理工程 (Cutadapt2) を経て、データ解析します。

変更前後における解析結果の比較

試験に関するお問い合わせ

Metagenome@KINソフトウェアをバージョンアップしました。

Metagenome@KINソフトウェアをバージョンアップしました。

ソフトウェアをバージョンアップしました。

分類階級 (界から種レベル) ごとにα多様性指数を出力できるようになりました。

ヒートマップ・クラスター分析結果の仕様が変更されます。

「Rejected_hit (分類群を同定できない) 」が「Unclassified hit」および「Unclassified taxon」に変更されます

今後のデータ解析について

試験に関するお問い合わせ

糞便中有機酸分析で使用しているシステムについて

糞便中有機酸分析で使用しているシステムについて

2020年4月に有機酸分析システムを追加導入しました。

有機酸分析システムについて

技術情報_群集構造解析アーカイブ - TechnoSuruga Laboratory Co.,Ltd.

ユニバーサルプライマーの配列では
Streptophyta の配列を増幅してしまいます。

16S rDNA V5-V7領域を
標的としたプライマーを用意しました。

C . acnes の検出を高めたアンプリコンシーケンス
解析用プライマーを用意しました。

分類階級 (界から種レベル) ごとに
α多様性指数を出力できるようになりました。

ヒートマップ・クラスター分析結果の
仕様が変更されます。