カビ_衛生 アーカイブ - TechnoSuruga Laboratory Co.,Ltd. 微生物試験・分析と理化学分析 Tue, 30 Sep 2025 23:39:59 +0000 ja hourly 1 https://wordpress.org/?v=6.8.3 https://tecsla.jp/tec/wp-content/uploads/2023/08/logo.png カビ_衛生 アーカイブ - TechnoSuruga Laboratory Co.,Ltd. 32 32 カビDNA塩基配列解析・分子系統解析 https://tecsla.jp/services/microbiological/to-researcher/mold/dna-mold/ Tue, 07 Nov 2023 11:45:51 +0000 https://tecsla.jp/?page_id=280704 投稿 カビDNA塩基配列解析・分子系統解析 は TechnoSuruga Laboratory Co.,Ltd. に最初に表示されました。

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カビDNA塩基配列解析・分子系統解析

特長

  • 基準標本やタイプ由来株などの塩基配列で構成される「微生物同定データベース」と文献配列情報を組み合わせて解析

  • 最新の分類体系を考慮した分子系統解析を実施

  • 帰属種・近縁種のバイオセーフティレベル付きで報告

  • 新種提唱論文用データまで幅広く対応

概要

DNA塩基配列解析によるカビの同定には、rDNAのITS領域 (以下、ITS rDNA) および28S rDNAのD1/D2領域を使った解析が行われてきましたが、近年は種レベルの同定にはITS rDNA領域が広く使用されています。しかし、国際塩基配列データベースには既知種全てのDNA塩基配列は登録されておらず、さらに分類の基準となるタイプ情報とそのDNA塩基配列情報との紐づけは不完全な状況です。また、国際塩基配列データベースに登録されている情報には、疑義のあるものも少なくありません。そのため、相同性検索の結果で得られた個々のデータを採用するか否かの判断には、最新の分類学的研究を鑑みた調査が必要であり、この調査には多大な手間と時間を要します。当社では、ENKI BLAST以外のメニューについては、可能な範囲で文献や配列情報などを調査し、最新の分類体系を反映させた報告をします。
新種提唱などの論文投稿では、更なる精査が必要となり、分子系統解析が必須となります。当社では、論文投稿に使用可能なレベルでの分子系統解析も可能です。近隣結合法 (NJ; Maximum Neighbor Joining) のように距離行列(Distance matrix) による手法および、最尤法 (ML; Maximum Likelihood) を基本とし、最節約法 (MP; MaximumParsimony) による分子系統解析にも対応可能です。

受入可能な検体

種類

必要量

備考

平板培養物

1 枚

当社で培養確認を行うか、指定コロニーから直接DNA を抽出するかのご選択が可能です。生育性や純粋性に疑義がある場合には、ご連絡します。

液体培養物

スラント ( 斜面培養物 )

アンプル ・ 凍結保存品 ( グリセロールストック)

1 本

当社での培養確認を必須とします。培養条件をご指示下さい。液体培養物から直接解析を実施する場合、承諾書にご署名をいただきます。

DNA 抽出物

濃度 ： 30 ng/µL 以上
量 ： 50 µL 以上

PCR 増幅を確認している場合には、電気泳動像のご提供をお願いします。承諾書にご署名をいただきます。

PCR 産物

濃度 ： 100 ng/µL 以上
量 ： 20 µL 以上

電気泳動像のご提供をお願いします。承諾書にご署名をいただきます。

塩基配列テキストファイル
(fasta ファイルなど)
シーケンス生データ
(ab1 ファイル)

―

オプションの簡易分子系統解析、分子系統解析のみのご依頼となります。

シーケンサーから出力された生データ (ab1 ファイル) から塩基配列を決定し、解析することも可能です。ab1 ファイルの場合はプライマー配列情報をご提供ください。

解析の流れ

  • DNA抽出

  • PCR増幅

  • シーケンス

  • 塩基配列決定

  • 相同性検索

  • 分子系統解析

納品内容

試験項目

報告内容

付属データ

ITS rDNA (ENKI BLAST)

28S rDNA-D1/D2 (ENKI BLAST)

・当社微生物同定データベース照合結果の上位30位

・ DNA塩基配列データ
・ シーケンス波形データ

ITS rDNA
28S rDNA-D1/D2

・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位
・ 当社微生物同定データベース照合結果の上位30位
・ 系統樹＋同定結果 ＋帰属種・近縁種のバイオセーフティレベル

※ITS rDNAと28S rDNA-D1/D2の同時解析も可能です。簡易分子系統解析は領域ごとに行います。

報告書サンプル

SAMPLE／16S rDNA-500 (BLAST) 報告書v1.12のサムネイル

価格・納期

※年間契約割引 (年間100株以上) も用意しています。

試験項目

検体数

単位

単価（通常）（税抜）

単価 (特急)※1（税込）

目安納期

ITS rDNA (ENKI BLAST)

　または

28S rDNA-D1/D2 (ENKI BLAST)

1～8

株

22,000 円

－

6営業日

9～16

20,000 円

－

7営業日

17～24

お問い合わせ下さい

25～

お問い合わせ下さい

ITS rDNA

または

28S rDNA-D1/D2

1～8

株

30,000 円

34,400 円

9営業日

9～16

28,000 円

32,000 円

10営業日

17～24

お問い合わせ下さい

25～

お問い合わせ下さい

試験項目

検体数

単位

単価（通常）（税抜）

単価 (特急)※1（税込）

目安納期

ITS rDNA （ENKI BLAST）

＆

28S rDNA-D1/D2 （ENKI BLAST）

1～8

株

38,000 円

－

10 営業日

9 ～

お問い合わせ下さい

ITS rDNA
＆ 28S rDNA-D1/D2

＊解析は遺伝子領域ごとに行います。

1～8

株

55,000 円

62,600 円

15 営業日

9 ～

お問い合わせ下さい

※1　DNA特急は、5営業日で当社微生物同定データベースに対し相同性検索結果の上位5位をE-メールで報告します。また、一度にお受けできる検体数は8株までです。
・ 常用培地以外の培地や嫌気条件での培養などをご指定の場合、追加費用が必要となります。【ガイド】 追加費用のご案内をご参照下さい。
・ ご希望のお客様には、帰属種・近縁種の分離源情報を提供します。

オプション
  • 簡易分子系統解析や分子系統解析は、お手持ちのシーケンスデータ (ab1ファイル) や塩基配列テキストファイルから、行うこ
    とも可能です。
  • 分子系統解析は、近隣結合法 (NJ法) の他、最節約法 (MP法) や最尤法 (ML法) も対応します。
  • カビのDNAメニューでは、オプションで考察 (同定に至った経緯の説明文章) 付きに変更が可能です。

試験項目

報告内容

単位

単価（税抜）

納期

配列比較

ご指定の微生物株の配列比較 ( アライメント ) を行い、 相違箇所を明確にします。

2 株間比較

＋ 1,000 円

＋ 1 営業日

3 株間比較

＋ 2,000 円

簡易分子系統解析

当社微生物同定システム 「ENKI®」 により分子系統解析し、 帰属種 ・ 近縁種を推定します。

株

考察なし

12,000 円

5 営業日

考察あり

14,000 円

7 営業日

配列決定

＋ 5,000 円

＋ 1 営業日

分子系統解析※¹

(ITS rDNA)

(28S rDNA-D1/D2)

論文投稿などを前提とした分子系統樹を作成し、検体の帰属種・近縁種を推定します。
既報の調査、新種データの確認、必要な塩基配列の選定および取得を行い、「BioEdit」および「MEGA」を用いて分子系統樹を描画し、系統的な位置を推定します。報告は分子系統樹データを「PowerPoint」ファイルで納品します。
なお、ご指定のない場合、近隣結合法 (NJ 法) による系統樹作成となります。

株

シーケンス

＋分子系統解析

75,000 円～

24 営業日～

分子系統解析のみ

53,000 円～

18 営業日～

カビ 考察 (DNA)

同定に至った経緯の文章説明を追加します。※²

株

＋ 2,000 円

＋ 2 営業日～

※1 近隣結合法 (NJ法) 以外の系統樹作成をご希望の場合、追加費用が必要になることがあります。
※2 菌の特性に関する内容の記載は対応いたしかねます。

 

■ 簡易分子系統解析と分子系統解析の違い

試験項目

活用できる分野

解析目的

系統解析に供するデータまたは塩基配列データ

簡易分子系統解析

品質管理、衛生管理

検体がどの既知種に近縁なのかを推定する

当社微生物同定システム「ENKI®」登録の基準株や、タイプ由来株の塩基配列データ

分子系統解析

学術研究、論文投稿など

検体の分類学的位置を推定する

当社微生物同定システム「ENKI®」登録の基準株や、タイプ由来株の塩基配列、対象分類群の最新の学術論文を参照して分類学的位置を推定するために必要と考えられる塩基配列データ

ご依頼前の同意事項

・ 多検体でご依頼の場合の目安納期は、お問い合わせ下さい。
・ ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。
・ PCR時のポリメラーゼ反応エラーおよびシーケンサーのシグナル強度に起因する混合塩基の判定、ばらつきにおける試験結果への影響は考慮しておりません。
・ 検体の状態によりPCR増幅ができないことがあります。PCRを2回実施しても増幅産物が得られない場合、以降の試験を中止とします。PCR条件を変更しての再試験実施を希望される場合、追加費用が発生します。
・ バイオセーフティレベルは、細菌「日本細菌学会バイオセーフティ指針」、カビ・酵母「Atlas of clinical fungi」または「各微生物株保存機関の情報」 を採用しています。他の機関や海外の情報とは異なる場合があります。
・ バイオセーフティレベルは、病原体の危険度レベルに基づく分類です。結果に報告されるバイオセーフティレベルは、当社がその安全性(危険性)を保証するものではありません。
・ バイオセーフティレベルは、各微生物種に対し定められています。報告書で示すバイオセーフティレベルは目安であり、検体自体のバイオセーフティレベルを示すものではありません。

ファイルをダウンロードする
043_DNA_molds_V17.zip

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]]> 同定試験セット（Standard） https://tecsla.jp/services/microbiological/quality-health/dna-physiol/ Tue, 07 Nov 2023 11:45:44 +0000 https://tecsla.jp/?page_id=280616 投稿 同定試験セット（Standard） は TechnoSuruga Laboratory Co.,Ltd. に最初に表示されました。

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同定試験セット（Standard）

特長

  • DNA塩基配列解析結果と形態観察のセットメニュー

  • コロニー像、細胞形態などの写真で視覚的な情報を記録

  • 当社微生物同定システム「ENKI®」を使用し、分子系統解析まで実施

  • 帰属種・近縁種のバイオセーフティレベル付きで報告

概要

DNA塩基配列解析に加え、形態観察として細菌ではコロニー色調、細胞形態、グラム染色性、芽胞形成能の4項目を分類群にあわせて観察し、視覚的な情報を記録として残します。また、カビ・酵母では分類学的に重要なコロニー形態や色調、菌糸および胞子等の細胞形態を観察します。

受入可能な検体

種類

必要量

備考

平板培養物

1 枚

当社での培養確認を必須とします。培養条件をご指示下さい。生育性や純粋性に疑義がある場合には、ご連絡します。

液体培養物

スラント ( 斜面培養物 )

アンプル

凍結保存品 ( グリセロールストック)

1 本

作業の流れ（細菌の場合）

  • 純度確認

  • DNA抽出・精製

  • PCR増幅

  • シーケンス

  • 塩基配列決定

  • 形態観察 (細胞形態、グラム染色性、芽胞形成、コロニー色調)

納品内容

試験項目

報告内容

付属データ

細菌 Standard-500

• 形態観察結果

( 細菌の場合 ： 細胞形態、 グラム染色性 ( 放線菌除く ) 、 芽胞形成、 コロニー色調 )
( カビ、 酵母の場合 ： コロニー形態、 色調、 菌糸、 胞子などの細胞形態 )

• 国際塩基配列データベース照合結果の上位 30 位
• 当社微生物同定データベース照合結果の上位 30 位
• 系統樹
• 同定結果 ＋ 近縁種のバイオセーフティレベル

• DNA 塩基配列データ
• シーケンス波形データ
• コロニー像の写真
• 細胞形態 またはグラム染色像など


細菌 Standard-Full

放線菌 Standard-500

放線菌 Standard-Full

カビ Standard

酵母 Standard

報告書サンプル

SAMPLE／16S rDNA-500 (BLAST) 報告書v1.12のサムネイル

価格・納期

試験項目

単位

単価 ( 税抜 )

中間報告※ 1

目安納期

細菌 Standard-500

株

32,000 円

-

11 営業日

細菌 Standard-Full

株

54,000 円

-

11 営業日

放線菌 Standard-500

株

35,000 円

-

15 営業日

放線菌 Standard-Full

株

57,000 円

-

15 営業日

カビ Standard

株

57,000 円

10 営業日

22 営業日

酵母 Standard

株

55,000 円

10 営業日

22 営業日

※※ 中間報告は、当社微生物同定データベースに対し相同性検索結果の上位5位をE-メールで報告します。最終的な結論と異なる可能性があります。DNA塩基配列データ、シーケンス波形データおよび写真などは、報告時にお届けします。

  • 常用培地以外の培地や嫌気条件での培養などをご指定の場合、追加費用が必要となります。【ガイド】追加費用のご案内をご参照下さい。
  • 多検体でご依頼の場合の目安納期は、お問い合わせ下さい。

<オプション>考察

細菌、放線菌の16S rDNA-500および16S rDNA-Full、カビおよび酵母のDNAメニューでは、オプションで考察(同定に至った経緯の説明文章) 付きに変更が可能です。
・ 細菌および放線菌は、DNA塩基配列解析のみの考察を行います。
・ カビおよび酵母は、形態観察の結果とDNA塩基配列解析の結果を踏まえた総合的な考察を行います。

価格・納期

試験項目

報告内容

単位

単価 ( 税抜 )

目安納期

細菌 ・ 放線菌 考察 (DNA)

同定に至った経緯の文章説明を追加します。※

株

＋ 2,000 円

＋ 2 営業日

カビ 考察 ( 総合 )

株

＋ 8,000 円

＋ 2 営業日

酵母 考察 ( 総合 )

株

＋ 3,000 円

＋ 2 営業日

※ 菌の特性に関する内容の記載は対応いたしかねます。

ご依頼前の同意事項

・ カビの場合、担子菌類、卵菌類 (ミズカビなど) 、生育が微弱であったり特殊な培養条件が必要な菌株では、形態観察ができないこともあります。
・ ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。
・ 検体の生育性の有無や培養時間は、その菌の性状に依存します。当社は試験の遂行に最善の努力を払いますが、実施の確実性を保証するものではありません。
・ 培養条件や培養スケールの違いにより、菌株の性状が変化する可能性があります。これらの試験結果への影響について、当社は保証するものではありません。
・ 培養は、お客様のご指定、または当社で適当と判断した培養条件で行いますが、十分な生育が得られることを当社は保証するものではありません。
・ バイオセーフティレベルは、細菌「日本細菌学会バイオセーフティ指針」、カビ・酵母「Atlas of clinical fungi」または「各微生物株保存機関の情報」 を採用しています。他の機関や海外の情報とは異なる場合があります。
・ バイオセーフティレベルは、病原体の危険度レベルに基づく分類です。結果に報告されるバイオセーフティレベルは、当社がその安全性(危険性)を保証するものではありません。
・ バイオセーフティレベルは、各微生物種に対し定められています。報告書で示すバイオセーフティレベルは目安であり、検体自体のバイオセーフティレベルを示すものではありません。
・ PCR時のポリメラーゼ反応エラーおよびシーケンサーのシグナル強度に起因する混合塩基の判定、ばらつきにおける試験結果への影響は考慮しておりません。
・ 検体の状態によりPCR増幅ができないことがあります。PCRを2回実施しても増幅産物が得られない場合、以降の試験を中止とします。PCR条件を変更しての再試験実施を希望される場合、追加費用が発生します。

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036_iden-set(Standard)_V3.zip

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]]> その他追加試験 (カビ) https://tecsla.jp/services/microbiological/to-researcher/mold/others-mold/ Tue, 07 Nov 2023 11:41:01 +0000 https://tecsla.jp/?page_id=280863 投稿 その他追加試験 (カビ) は TechnoSuruga Laboratory Co.,Ltd. に最初に表示されました。

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その他追加試験 (カビ)

概要

微生物株の毒素産生能や生育性などを評価する試験です。以下の試験の他にも、ご要望に応じた試験を提案します。お気軽にお問い合わせ下さい。

  • アフラトキシン生合成遺伝子解析試験

    Aspergillus oryzae はアフラトキシン生合成遺伝子が欠失していることにより、カビ毒のアフラトキシンを産生しないことが報告されています。当試験は、酒類総合研究所の試験方法1）-3)に基づき、アフラトキシン生合成反応に必要な酵素をコードする遺伝子のうち7つの遺伝子 (aflT,nor-1,aflR,norA,avnA,verB,vbs ) の欠失をPCRで確認し、その結果に基づいて、酒類総合研究所の保有するA.oryzae 菌株グループ (1～3) のどのグループに属するかを判別します。
    グループ1の場合は、追加試験にて、aflJ-aflR の遺伝子構造をA.oryzaeと比較することで、検体のアフラトキシン生合成遺伝子発現の有無も推定が可能です。ただし、 A.oryzae 菌株グループのいずれにも属さない結果の場合は、アフラトキシン生合成遺伝子の発現の有無を推定できません。

  • 耐熱性試験 (定性)

    100℃以下のご指定の温度条件による加熱処理後、寒天平板培地上での生育の有無から耐熱性の有無を判定する試験です。耐熱性試験を行う際には、食品の製造条件などの現場の状況を考慮した加熱条件で耐熱性試験を行うことが好ましいとされています。試験をご希望の際には、試験の条件をご相談下さい。

  • 至適生育条件確認試験 (定性)

    温度、pH、NaCl濃度などの生育条件に対し任意の5段階の培養条件で微生物株の至適生育条件を確認します。試験条件についてはご指定下さい。

    至適生育条件確認試験 (5段階の条件) の一例
    温度 ：15℃、20℃、25℃、30℃、35℃
    pH   ：pH 2、pH 4、pH 6、pH 8、pH 10

参考文献

  • (1)

    Kiyota T, Hamada R. Sakamoto K, Iwashita K, Yamada O, Mikami S. Aflatoxin non-productivity of Aspergillus oryzae caused by loss of function in the aflJ gene product. J Biosci bioeng 2011;111:512-517
  • (2)

    Tominaga M, Lee Y-H, Hayashi R, Suzuki Y, Yamada O et al . Molecular analysis of an inactive Aflatoxin biosynthesis gene cluster in Aspergillus oryzae RIB strain. Appl Environ Microbiol 2006;72:484-490
  • (3)

    山田　修. 麹菌 Aspergillus oryzae のアフラトキシン生合成遺伝子ホモログクラスタの解析. 日本醸造協会誌 2008；103：665-669

受入可能な検体

試験項目

種類

必要量

備考

・アフラトキシン生合成遺伝子解析試験
・耐熱性試験 ( 定性)
・至適生育条件確認試験 ( 定性)

平板培養物

1 枚

当社での培養確認を必須とします。培養条件をご指示下さい。
生育性や純粋性に疑義がある場合には、ご連絡します。

液体培養物

スラント ( 斜面培養物)

アンプル

凍結保存品 ( グリセロールストック)

1 本

価格・納期

試験項目

単位

単価 ( 税抜 )

目安納期

アフラトキシン生合成遺伝子解析試験

ー

株

34,000 円

22 営業日～

グループ 1 確認試験※

＋ 72,000 円

耐熱性試験 ( 定性・1条件 )

株

24,000 円

分類群による

至適生育条件確認試験 ( 定性)

温度(5条件 )

株

29,000 円

15 営業日

pH/NaCl 濃度(5条件 )

25,000 円

17 営業日

※ グループ1確認試験を実施する場合には、納期を延長する場合があります。

  • 常用培地以外の培地や嫌気条件での培養などをご指定の場合、追加費用が必要となります。【ガイド】 追加費用のご案内をご参照下さい。
  • 多検体でご依頼の場合の目安納期は、お問い合わせ下さい。
  • アフラトキシン生合成遺伝子解析試験は以下のアおよびイの特許を所有している独立行政法人酒類総合研究所から使用許諾を受けています。
    ア. 特許番号　第4756417号　　イ. 特許番号　第5137096号

ご依頼前の同意事項

・ ご依頼前の同意事項(共通)を必ずご確認下さい。
・ 検体の生育性の有無や培養時間は、その菌の性状に依存します。当社は試験の遂行に最善の努力を払いますが、実施の確実性を保証するものではありません。
・ 培養条件や培養スケールの違いにより、菌株の性状が変化する可能性があります。これらの試験結果への影響について、当社は保証するものではありません。
・ 培養は、お客様のご指定、または当社で適当と判断した培養条件で行いますが、十分な生育が得られることを当社は保証するものではありません。
・ バイオセーフティレベルは、細菌「日本細菌学会バイオセーフティ指針」、カビ・酵母「Atlas of clinical fungi」または「各微生物株保存機関の情報」 を採用しています。他の機関や海外の情報とは異なる場合があります。
・ バイオセーフティレベルは、病原体の危険度レベルに基づく分類です。結果に報告されるバイオセーフティレベルは、当社がその安全性(危険性)を保証するものではありません。
・ バイオセーフティレベルは、各微生物種に対し定められています。報告書で示すバイオセーフティレベルは目安であり、検体自体のバイオセーフティレベルを示すものではありません。

ファイルをダウンロードする
052_physiol_mold_V16.zip

投稿 その他追加試験 (カビ) は TechnoSuruga Laboratory Co.,Ltd. に最初に表示されました。

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